自1952年全国高校院系调整后，东南大学就开始招收研究生，20世纪50年代后期至60年代初期共招收研究生117人，1978年恢复招收研究生。1981年实施学位条例后，首批获学士、硕士、博士学位授予权；首批建有博士后流动站的单位；首批进入国家“985工程”和“211工程”；是自行审批博士和硕士学位授予权、自行审定增列博士生指导教师的试点单位；首批获准招收和培养工程硕士生；首批获准开展工程博士专业学位授予工作。1986年4月经国务院批准试办研究生院，1996年3月经国家教委批准，正式建立研究生院。东南大学与国内许多重点高校一样，已成为我国研究生教育与培养的一个重要基地。
东南大学现有专任教师2700余人，具有博士学位的教师2222人，占教师总数的比例为80.3％，正、副高级职称1900余人，博士生指导教师833人，硕士生指导教师1875人，两院院士13人，国务院学位委员第七届学科评议组成员13人，入选国家“万人计划”专家16人，入选国家“千人计划”专家43人，“长江学者奖励计划”特聘教授、讲座教授43人，长江学者青年项目5人，国家级教学名师奖获得者5人，“万人计划”教学名师3人,国家杰出青年科学基金获得者43人。30个博士学位授权一级学科点，49个硕士学位授权一级学科点，覆盖了13个学科门类中的哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等10个门类。截至2016年6月， 已授予博士学位6219名，硕士学位50158名。
在东南大学研究生院改革与发展的进程中，我们始终注重学科建设水平和研究生培养质量的提高：比照国际学科，提高学科水平
在东南大学创建世界一流大学发展目标的驱动下，东南大学的优势学科确立了以世界一流学科为标杆建设高峰学科的目标，如生物医学工程学科以美国杜克大学的相应学科为标杆、交通运输工程学科以美国伊利诺伊大学香槟分校的相应学科为标杆、建筑学学科在科学研究和教学上分别以MIT和ETHZ的相应学科为标杆，这些学科在国际化环境中努力提升学科的国际地位，学科建设水平得到了整体提升。截至2016年9月，工程学、材料科学、数学、物理学、化学、临床医学、计算机科学、生物与生物化学、药理学与毒理学等9个学科进入ESI世界前1%，其中工程学位列44位、计算机科学位列71位。
经过“985工程”、“211工程”和江苏高校优势学科建设工程的重点建设，东南大学学科结构不断完善、学科竞争力持续提升。现有5个一级学科国家重点学科（涵盖15个二级学科），5个二级学科国家重点学科，1个国家重点（培育）学科，13个江苏高校优势学科建设工程二期项目立项学科（群），1个江苏省重点序列学科，12个江苏省一级学科重点学科。在2012年第三轮全国学科评估中，15个学科进入前20%，有12个学科进入全国前七位，有10个学科位列全国前五位，排名第一的学科数并列全国高校第七位，其中生物医学工程、交通运输工程、艺术学理论等3个学科位列全国第一位，建筑学、电子科学与技术、风景园林学等3个学科位列全国第二位，土木工程、城乡规划学等2个学科位列全国第三位，信息与通信工程位列第四位，仪器科学与技术位列第五位，动力工程及工程热物理位列第六位，公共卫生与预防医学位列第七位。另外，控制科学与工程跃升至第十一名，哲学跃升至第十三名，管理科学与工程跃升至第十三名，排名江苏省第一。
为了进一步集聚优质学科资源、优化学科布局，努力创建学科群协同发展的优势，东南大学组建了理学部、人文社会科学学部、生命科学与医学部、土建交通学部、信息电子学部、机能材化学部和电仪控制学部等七大学部，揭开了我校从关注学科数量向注重加强学科质量方向转移的序幕，为东南大学创建世界一流大学奠定了坚实的基础。二、创新教育模式，提高培养质量
研究生教育的核心使命在于培养满足国家需要的高层次拔尖创新人才，问题的关键在于如何才能提高研究生的培养质量。经过二十多年的探索与实践，东南大学研究生院坚持改革，持续创新教育模式，已经建立了一整套行之有效的研究生培养质量保障体系。
第一，多种措施并举，吸引优秀生源。优秀生源是提高研究生培养质量的重要基础。为了更加广泛地吸引优秀生源，东南大学采取了多种措施，优化和完善推免生考核选拔机制；加大硕博连读生选拔力度；合理调整设置考试科目，注重综合素质和创新能力考核；健全机制，赋予导师充分的自主选拔权等。
第二，拓宽知识领域，改善知识结构。高层次拔尖创新人才不仅需要具有坚实的专业基础知识，而且需要具有广博的相关领域知识。为了顺应现代科学技术发展的大趋势，东南大学在加强通识教育的基础上，积极探索宽口径拔尖创新人才培养模式，努力为每一位研究生构建一个合理的知识结构。
第三，积极推进研究生教学改革，稳步提升学位论文质量。在优化课程体系、加强课程建设、转变教学模式的基础上，东南大学逐步建立健全了研究生教学质量检查与评估体系，设立了优秀博士论文基金及培育对象基金，鼓励研究生在校期间刻苦学习、潜心研究，共获全国优秀博士学位论文16篇、提名28篇。
第四，完善国际化人才培养体系，努力培养具有国际视野的拔尖创新人才。在国际化视野下创新人才培养模式，加大对研究生出国学习交流的支持力度，大力推进联合办学。东南大学先后与法国雷恩一大、澳大利亚蒙纳什大学等国际一流大学联合培养研究生，在国际化办学的强校道路上迈出了坚实的一步。在新的历史机遇期，
东南大学确立了创建世界一流大学新“三步走”的发展目标，制定了坚定不移地走以创新为主导的研究型大学发展道路、坚定不移地走与国家和区域经济建设和社会发展相结合的建设道路、坚定不移地走国际化办学的强校道路的发展战略，为了适应学科建设和研究生教育发展的新环境，研究生院正不断深化改革，努力为探索创建世界一流大学积累新的经验，力争为我国学位与研究生教育做出新的更大的贡献。