安徽医科大学研究生学院成立于2003年10月，前身是1997年3月成立的研究生部。2003年12月成立学院党总支，2015年10月设立研究生学院党委。2017年10月，安徽医科大学党委设研究生工作部，与研究生学院合署办公，负责安徽医科大学研究生党建和思想政治教育工作，组织实施校党委有关决策部署，指导各研究生培养单位的研究生教育管理工作。研究生学院党委改为直属党支部。
安徽医科大学研究生管理实行以“培养单位为主体”的管理模式，注重发挥“校-院-学科（导师）”三级管理的作用。目前，研究生学院（党委研究生工作部）设有党政办公室、招生办公室、培养办公室、研究生思想政治教育办公室、研究生管理办公室5个科室，学院现有职工13人。
安徽医科大学1956年经卫生部、教育部批准开始招收研究生。1990年经国务院学位委员会批准为博士学位授权单位，成为第一个具有博士学位授予权的省属高校。1996年经国务院学位委员会批准获准开展在职人员申请硕士学位工作。1998年经教育部批准，可以招生港澳台研究生。现拥有临床医学、药学2个博士学位授权一级学科点，共26个博士学位授权学科点，有10个硕士学位授权一级学科点，72个硕士学位授权学科点，设有临床医学、药学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站，具有临床医学博士、临床医学硕士、公共卫生硕士、口腔医学硕士、药学硕士和中药学硕士六个类别专业学位授予权。截至2017年上半年，在校统招博士生171人、统招硕士生3381人。另有港澳台自费兼读制研究生31人。共有博士生导师152人、硕士生导师近1300人。参与研究生招生、培养的二级培养单位达59个，其中直属培养单位14个、非直属培养单位45个。
展望“十三五”，研究生学院将在校党委和行政的正确领导下，树立科学发展观，围绕安徽医科大学“建设高水平教学研究型医科大学”的目标，按照安徽医科大学“十三五”发展规划要求，统筹协调规模、结构、质量与效益，在稳步扩大规模的同时，重点强调内涵建设和质量提升，努力推动研究生教育工作再上新台阶。