山西医科大学的前身是山西医学传习所，创建于1919年。山西医科大学多次易名，数次迁址。1932年，改为私立山西川至医学专科学校。1940年，更名为山西大学医学专修科。1946年，改称国立山西大学医学院。1950年，改称山西大学医学院。1953年，学校独立建校，更名为山西医学院。1996年，更名为山西医科大学。
新中国成立后，山西医科大学步入崭新的发展时期。1955年，山西医科大学成为设有卫生系的全国6所医学院校之一。1980年，在全国高校第一个开办法医学本科专业。1981年，成为全国首批硕士学位授权单位。1982年，成为全国首批学士学位授权单位。1986年，成为山西省首批博士学位授权单位。2006年，山西医科大学在教育部组织的本科教学工作水平评估中，被评为优秀。2011年，成为全国首批护理学博士学位授权单位。2012年，成为教育部首批“卓越医生教育培养计划”试点单位。2013年，成为首批国家“本科教学工程”地方高校综合改革试点单位。2016年，成为国家中西部基础能力建设工程支持高校。
经过九十八年的建设发展，山西医科大学已发展成为以医学为主，医、理、工、管、法、文、教多学科相互渗透、协调发展的医科大学，形成了以本科教育为主、本硕博多层次的人才培养体系、以“全人、全面、全程、全时、全方位”五全理念为引领的健康人文教育特色和以“医理博精、德能高邃”校训为核心的山医精神。
山西医科大学现有川至、迎泽、中都三个校区，占地总面积1422亩，建筑面积71万平方米；固定资产总值12亿元，其中教学科研仪器设备值4亿元。现有第一临床医学院、第二临床医学院、汾阳学院、基础医学院、公共卫生学院、药学院、法医学院、护理学院、研究生学院、人文社会科学学院、管理学院、马克思主义学院（筹）、继续教育学院（职业技术学院）、口腔医学系、儿科医学系、麻醉学系、医学影像学系、外语系、体育教学部、计算机教学部、临床技能教学模拟医院、上海东方临床医学院、检验学系23个学院、系（部）。现有第一医院、第二医院、口腔医院、汾阳医院、第六医院5所直属附属医院，其中，第一医院、第二医院是山西省规模最大的综合性三级甲等医院、全国百姓放心医院，技术力量雄厚，医疗水平领先；口腔医院是省内唯一一所三级口腔专科医院，拥有一批先进医疗设备；汾阳医院为吕梁市规模最大的集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的三级甲等综合医院，是山西省四个区域医疗中心之一；第六医院为三级甲等综合医院，国家卫计委第一批“冠心病介入诊疗培训基地”，山西省烧伤救治中心。现有16所非直属附属医院，32个教学医院，111个其它教学基地，15个研究生培养基地，2个科学研究基地。
山西医科大学现有教职工医护人员6000余人，教师1600余人，研究生导师1300余人。现有国家杰出青年科学基金获得者2名，优秀青年基金获得者1名，享受政府特殊津贴人员125名，国家级有突出贡献专家2名；国家级教学名师1名，省级教学名师29名，省级研究生教育优秀指导教师17名；教育部新世纪优秀人才5名，“新世纪百千万人才工程”国家级人选4名，山西省学术技术带头人92名，青年三晋学者5名，山西省海外高层次人才“百人计划”入选者18名，山西省高等学校中青年拔尖创新人才7名,山西省高等学校优秀青年学术带头人44名；国家优秀教学团队1个，山西省优秀教学团队1个，山西省研究生教育优秀指导教师团队4个；山西省科技创新团队9个，山西省高等学校优秀创新团队3个、山西省高等学校优秀创新团队重点培育对象1个；中央联系的高级专家5名，省委联系的高级专家48名。一批教师荣获全国或全省的模范教师、五一劳动奖章等荣誉称号；一批教师在全国和全省的教师教学基本功竞赛及各类科技奖励中获奖。
山西医科大学现有生物学、临床医学、公共卫生与预防医学、护理学4个一级学科博士学位授权点，42个二级学科博士学位授权点；生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、中药学、护理学7个一级学科硕士学位授权点，57个二级学科硕士学位授权点；临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学、应用心理、社会工作、图书情报8个硕士专业学位授权点。生理学为国家重点学科，生物学、公共卫生与预防医学、临床医学3个一级学科设有博士后科研流动站，细胞生理学实验室为省部共建教育部重点实验室，临床技能实训中心、基础医学实验教学中心为国家级实验教学示范中心，重症医学、泌尿外科学、中医护理学、骨科学、肾病学、普通外科学、老年病学、急诊医学、风湿免疫学、护理学、病理学、眼科学、心血管内科13个学科为国家临床重点专科。生物学为山西省优势重点学科，公共卫生与预防医学、临床医学、护理学为山西省特色重点学科。有省“1331工程”优势特色学科1个、省重点学科10个、省级协同创新中心1个、省级重点实验室12个，省重点科技创新平台等省级重点教学、科研平台10个。
山西医科大学设有临床医学（五年制、“5+3”一体化）、预防医学、法医学、口腔医学、儿科学、医学影像学、麻醉学、护理学、精神医学、药学、中药学、临床药学、药物制剂、医学检验技术、医学实验技术、医学影像技术、生物制药、眼视光学、卫生检验与检疫、康复治疗学、运动康复、社会工作、信息管理与信息系统（医药方向）、公共事业管理（卫生事业管理方向、健康产业管理方向）、劳动与社会保障、英语（医学方向）26个本科专业，涉及医学、工学、管理学、法学、文学、教育学六个学科门类。临床医学、预防医学、法医学、药学、护理学5个专业为国家级特色专业建设点。
山西医科大学生源来自全国各省、市、自治区，现有全日制在校生19000余人，其中普通本科生15300余人，硕士研究生3600余人，博士研究生280余人；有成人本专科学生5800余人。建校以来，山西医科大学培养了以全国首枚“白求恩奖章”获得者、“人民的好医生”赵雪芳、中国工程院院士徐建国、南丁格尔奖章获得者杨辉等为代表的医药卫生专业人才10万余名。近年来，山西医科大学积极调整人才培养层次结构，不断深化教育教学改革，人才培养质量不断提高；本科毕业生升学率在30%以上，毕业生就业率保持在80%左右。调查显示，用人单位对我校人才培养的满意度在90%以上，对毕业生专业学习能力、工作责任心等综合素质的评价较高。
山西医科大学科研发展势头良好，科研实力显著增强，科技水平稳步提升。“十二五”以来，科技总经费51839.9万元；共承担省级以上科技计划项目2371项，其中国家自然科学基金项目230项；发表科研论文12290余篇，其中第一知识产权SCI收录论文990余篇；获专利授权151项，出版著作216部；获省部级科技奖励188项。
山西医科大学与美国、德国、澳大利亚、意大利、日本、新加坡以及香港、台湾等多个国家和地区的大学和机构建立了教育、科技、医疗合作关系，并开展了多项实质性的交流合作。
经过九十八年的薪火相传，经过几代人的艰辛拼搏，山西医科大学取得了辉煌成就。在未来的征程中，山西医科大学将紧紧抓住国家“双一流”建设和山西“1331”工程建设、健康中国和健康山西建设、医学教育综合改革等发展机遇，继承优良办学传统，加快建设发展步伐，为全面建成国内先进、特色鲜明的高水平医科大学而努力奋斗！