交通运输工程在职研究生有不同的申请方式，同等学力硕士学位的主要招生院校为华东交通大学、吉林大学和西南交通大学。在职攻读专业硕士学位的主要招生院校为同济大学和华中科技大学。关于该专业的申请流程，在职研究生网老师将介绍以下两种申请方式。
一、同等学力申请硕士学位流程
1. 参加课程
对于以同等学力申请硕士学位的交通运输工程专业在职研究生，入学期间不进行招生考试。学生提交的申请材料经院校审核后，方可被录取。学生入学后，完成课程学习并通过期末考试，即可获得结业证书。
2. 申请硕士学位并取得证书
学生获得毕业证书后，如已获得本科学位满三年，可申请硕士学位。3月份网上报名，5月份通过统一考试和论文答辩后，可获得硕士研究生学位证书。此时，学生可以离开学校，拿着证书毕业。
二、在职专业硕士学位申请流程
1. 参加考试
学生达到在职攻读交通运输工程专业硕士学位的录取条件后，需登录研招网进行报名。现场确认后，才视为报名成功。接下来，学生们将准备参加入学考试。考试分为初试和复试，只有初试成绩达到国家级和学院级水平后，才有资格参加复试。
2. 取得毕业证书
复试结束后，招生机构将根据初试和复试的综合成绩择优录取。学生入学后，在完成课程学习并缴纳学费后，可获得研究生毕业证书和硕士学位证书。学生通过论文写作和答辩后，可获得研究生毕业证书和硕士学位证书。这个时候，学生就可以离校，拿着证书毕业了。
以上介绍了交通运输工程在职研究生的申请流程。总之，学生选择的报名方式不同，其报名程序也不同。另外，如果学生报考在职专业硕士研究生，则需要面临在职研究生考试，因此建议提前做好考试准备。