东北林业大学于1954年始设林学和林工研究班，标志着研究生教育的开始。1955年设林业经济研究班。到1957年，共招收研究生80人。研究班均由原苏联专家讲课，培养两年制研究生。1958-1960年停止招生。1961年开始恢复招生，到1964年又招收研究生13人。1965-1977年又停止招生。1978年再次恢复招收研究生。1981年被国务院学位委员会批准为首批博士、硕士授予单位。2011年11月成立研究生院。
截止到2015年7月共培养毕业研究生15868人，其中：授予博士学位1731人，学术型硕士学位9720人，全日制专业学位869人，非全日制专业硕士学位3534人，外籍博士3人。东北林业大学现有在学研究生6635人，其中：博士生939人，学术型硕士研究生2512人，全日制专业学位研究生775人，非全日制专业学位研究生2194人。
研究生院现设有9个科室，有管理人员17人，主要负责学位与研究生教育的管理工作。
东北林业大学是中国学位与研究生教育学会农林学科工作委员会副主任委员单位，农林学科工作委员会学科建设组组长单位，东北地区农林院校研究生教育协作组组长单位，全国工程硕士专业学位林业工程领域组长单位，黑龙江省学位与研究生教育学会专业学位专业委员会挂靠单位。