二十世纪末，在时任国务院总理的朱镕基同志的倡导和推动下，国务院于1998年7月批准成立国家会计学院，当时北京国家会计学院为国务院事业单位，由财政部代管，教学管理依托清华大学。2002年财政部发文将学院更名为“北京国家会计学院”。2012年学院纳入财政部所属事业单位机构编制。
建院以来，北京国家会计学院秉承朱镕基总理题写“诚信为本，操守为重，坚持准则，不做假账”的办学宗旨，为我国宏观经济管理部门、大中型企业以及社会中介机构培养了大批会计和审计高级专业人才。经过多年的发展，北京国家会计学院形成了以学位教育、中短期培训和远程教育为支柱的教育培训体系。北京国家会计学院拥有一支精通理论前沿及丰富实务经验的优秀师资队伍，在研究生培养过程中明确以提升职业能力为导向的培养目标，突出应用型人才培养特点，注重实践型、启发型教学。目前，相当比例的毕业生在大型企业和会计师事务所发挥骨干作用。
北京国家会计学院实行党委领导下的院长负责制，董事会由财政部、中央组织部、国家发展与改革委员会、国务院国有资产监督管理委员会、商务部、教育部、人社部、中国人民银行、审计署、国家税务总局、中国证监会、中国银监会、国务院台湾事务办公室、北京市人民政府、上海市人民政府、福建省人民政府、厦门市人民政府、北京市财政局、上海市财政局、厦门市财政局、清华大学、上海财经大学、厦门大学等组成。董事会主席由财政部部长担任。
北京国家会计学院位于北京顺义天竺开发区，总占地面积343亩，建筑面积12万平方米。其中，一期工程1998年4月开工建设，2001年5月投入使用；二期工程2011年3月开工建设，2016年4月投入使用。北京国家会计学院拥有一流现代化的基础设施和信息网络系统，能够提供多媒体教学及远程教学，可同时容纳1500名培训学员、400名全日制研究生在校学习。