新疆大学从1978年起开始培养研究生，1981年经国务院批准成为首批具有硕士学位授予权的高校，1996年又获得博士学位授予权。现有8个博士一级学科，47个博士二级学科点，9个博士后科研流动站，29个硕士一级学科，154个硕士二级学科点，8个专业硕士学位点；国家级重点学科2个、国家级重点（培育）学科1个，自治区级重点学科18个（其中自治区级重点培育学科2个），校级重点学科24个；自治区产学研联合培养研究生示范基地29个。学科、学位点数量处于区内高校首位，有哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、管理学八个学科门类，涵盖了高层次人才培养和科学研究的主要领域。
新疆大学拥有一支结构合理、素质优良、充满活力、可持续发展的导师队伍。学科、学位点中具有博士学历的教师比例明显提高，学科梯队建设初见成效，通过重点岗位聘任、人才引进以及选送青年教师到知名高校进修、访学、攻读学位，聘请国内外知名大学教授作兼职教授等措施，使各学科形成了一支由重点学科带头人、方向带头人、青年学术骨干组成的结构合理、高效精干的学科梯队，产生了学科建设的主体，使学科队伍学历、职称、年龄层次结构更加合理。现有博士生导师104人，硕士生导师603人，其中外聘导师120人。
截止2013年9月，研究生在校规模达到4978人，其中博士生333人， 硕士生4042人，专业学位研究生603人。在研究生招生规模大幅增加的同时，新疆大学始终把研究生的培养质量放在第一位，把研究生创新能力的培养和素质培养放在突出的位置。2008年学校开展研究生培养机制改革，推行以科学研究为主导的导师负责制和以科研经费为引导的导师资助制，建立以奖学金为核心的动态研究生奖助体系，形成了科学合理的研究生招生指标配置机制，逐步完善硕士生培养过程的质量监控和评估等措施。坚持每学期分阶段进行教学质量检查，注重考风、考纪建设，对违背学术道德等现象及时处理。在全校倡导一种不唯名、不唯利、不唯书、不唯上的良好学风，努力造就具有新疆大学特色的学术精神。
新疆大学培养的研究生因基础知识扎实，知识结构合理，具有较强的前沿意识、良好的专业特色和发展个性、吃苦耐劳和踏实肯干的作风，而受到用人单位的普遍赞誉。新疆大学已成为自治区高层次人才培养、科学技术研究的重要基地。
面对新世纪科学技术的迅猛发展和知识经济时代所带来的机遇与挑战，新疆大学学位与研究生教育将继续以培养具有创造能力和专门精英人才为工作目标，充分发挥自身的办学优势和特色，面向市场、面向社会，努力加强学科建设，不断优化结构，深化教育改革，提高培养质量，树立新疆大学研究生教育培养的品牌，为把我校建设成为“西部先进，中亚一流，国际知名”的高水平大学的目标而奋斗。