南京大学创建于1902年，是中国最早进行研究生教育的大学之一。新中国成立以后，南京大学于1954年恢复研究生招生，到1965年，共招收276名研究生。1978年，南京大学又一次成为全国首批恢复招收研究生的高校之一，1984年，南京大学被列为首批试办研究生院的单位，1995年由国务院学位委员会办公室和国家教育委员会对全国33所研究生院综合评估中南京大学名列前茅，被批准正式成立南京大学研究生院。南京大学研究生院的建立，标志着南京大学的发展进入了一个新的阶段。随着南京大学首批进入“211工程”和“985工程”建设以及国家重点建设的高水平大学的行列，南京大学研究生教育进入了一个崭新的发展时期。
南京大学拥有一批实力雄厚的基础优势学科，国际影响力显著提升。在教育部学位中心2012年组织的第三轮一级学科学科评估中，3个一级学科排名第一，9个一级学科排名前3，16个一级学科排名前5。截止到2014年12月底，我校共有12个学科领域进入ESI全球前1%，其中化学、材料科学两个学科已跻身世界百强之列。
目前南京大学共有40个博士学位授权的一级学科、专业博士学位授权点1个，专业硕士学位授权点23个。现有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，国家重点（培育）学科6个，江苏高校优势学科建设工程一期项目立项学科19个，江苏省一级学科重点学科18个，国家实验室（筹）1个，国家重点实验室7个，教育部重点实验室8个，江苏省重点实验室8个，国家工程技术研究中心1个，省部级工程中心14个，国家基础学科人才培养基地13个，国家生命科学与技术人才培养基地1个，教育部人文社会科学重点研究基地4个，近百个跨学科研究中心，这些学科和科研平台为南京大学研究生教育提供了坚实基础。
南京大学拥有一批在国内外具有重要学术影响的学者，共有博士生导师727名，其中中国科学院院士28名、中国工程院院士3名、第三世界科学院院士4名、俄罗斯科学院院士1名、加拿大皇家科学学院院士1人、教育部“长江学者奖励计划”特聘教授90人、讲座教授25人、国家杰出青年基金获得者101人、973计划和重大科学研究计划项目首席科学家36名、国务院学科评议组成员19名、国家级教学名师10名。他们以严谨的治学态度、活跃的学术思想把南京大学的研究生引向科学研究的前沿。
南京大学研究生教育围绕创建世界一流大学的总体目标，明确了以创新能力培养为基础，全面提高培养质量的指导思想，重点突出培养机制的系统性和前瞻性、培养平台的开放性和互动性，以自主科研项目为牵引，构建跨学科研究平台，提升研究生科研创新能力；以国际交流项目为纽带，打造国际学术交流平台，提升研究生学术起点；构建优秀人才培育平台，提高研究生培养质量。
南京大学积极推进研究生教育的国际化进程，开拓研究生培养和合作科研的渠道。南京大学与国外大学共同创建了中美文化研究中心、中德经济法研究所、中日文化研究中心等机构，为中外文化教育事业培养了众多骨干人才，在海内外产生了巨大的影响。
南京大学研究生教育质量稳步提高，并取得了可喜成绩。南京大学研究生院在2000年、2004年、2007年、2011年连续四届获得江苏省高等教育教学成果一等奖；在《中华人民共和国学位条例》颁布十周年之际，由南京大学培养的20名毕业生被国务院、教育部授予“在工作中做出突出贡献的中国博士、硕士学位获得者”的光荣称号；南京大学有44位博士的学位论文入选“全国优秀博士学位论文”、56位博士的学位论文入选“全国优秀博士学位论文提名论文”；南京大学有25部教材由教育部及国务院学位委员会办公室推荐为“全国研究生教学用书”。
南京大学培养的研究生因较高的学术水平、创新能力、良好的专业特色而受到用人单位的普遍赞誉，在全国高校、科研、企业等各条战线上发挥着骨干作用，为国家的繁荣和科学技术的发展作出了重要贡献，其中涌现出了一大批优秀的科学家、科技工作者、工程技术人员和经济管理人才。
南京大学研究生院将继续探索高素质、高层次拔尖人才培养的新思路、新模式，把南京大学学位与研究生教育管理的各项工作落到实处，为实现南京大学创建世界一流大学的目标努力工作!