南京医科大学的前身江苏省立医政学院在1934年创立伊始即开始了公共卫生教育，是全国最早开办公共卫生与预防医学教育的院校之一。1940年设置公共卫生教研室，1953年起招收公共卫生专业本科生，1995年更名为公共卫生学院。现为“公共卫生与预防医学”一级学科博士学位授权点和博士后科研流动站，江苏省高校优势学科、江苏省一级学科国家重点学科培育建设点；“劳动卫生与环境卫生学”为国家重点学科，“卫生毒理学”、“流行病与卫生统计学”为江苏省重点学科，并拥有国家环境与人类健康国际联合研究中心、现代毒理学教育部重点实验室、江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室、江苏省肿瘤个体化医学协同创新中心，也是生殖医学国家重点实验室组成部分；预防医学专业为江苏省品牌专业、教育部特色专业建设点，是国家级人才培养模式创新实验区；预防医学教学团队为国家级教学团队；建有预防医学国家级实验教学示范中心、江苏省公共卫生实践教育中心。在教育部第四轮全国一级学科评估排名中，我院“公共卫生与预防医学”位列A+等级。
目前，公共卫生学院设有8个学系、7个中心和1个平台：流行病学系、生物统计学系、职业医学与环境卫生学系、营养与食品卫生学系、儿少卫生与妇幼保健学系、卫生毒理学系、卫生检验学系、社会医学与健康教育学系，预防医学实验教学中心、公共卫生教学研究中心、出生队列研究中心、国际联合研究中心、全球健康中心、江苏省医药农药兽药安全性评价与研究中心、公共卫生突发事件咨询服务与研究中心，科研共享平台。现有在编教职员工144人，专任教师95人，其中教授30人，副教授28人；博士生导师27人，硕士生导师24人。享受国务院政府特殊津贴6人，拥有“国家级教学名师”和“江苏省教学名师”各1人，教育部“长江学者”特聘教授2人、青年学者2人，国家“百千万工程”领军人才1人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选2人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”2人，国家杰出青年科学基金获得者2人，国家优秀青年科学基金获得者4人，科技部“中青年科技创新领军人才”1人，中组部“青年拔尖人才”2人，全国优秀博士后1人，全国优秀博士论文获得者1人，江苏省特聘教授2人，江苏省“333工程”培养人选26人次（含一层次2人），江苏省有突出贡献中青年专家4人，江苏省杰出青年科学基金获得者7人，江苏省优秀青年科学基金获得者1人。
目前公共卫生学院拥有3个本科招生专业：预防医学（医学）、卫生检验与检疫（理学）、应用统计学（生物统计学方向，理学），各类在校生1300余人，其中本科生774人，硕士研究生、博士研究生317人，非全日制公共卫生硕士（MPH）211人，国际MPH17人，已形成“以预防医学为主，相关专业协调发展的多专业、多层次人才培养体系”。
公共卫生学院在教学科研跨越发展的同时，广泛开展科技服务，形成了“强基础学科融合，产学研协调发展”的特色优势，2006年荣获“全国五一劳动奖状”。