南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。南京医科大学是江苏省属重点建设高校。2015年9月，获准成为首批教育部、国家卫生计生委与省政府共建医学院校。
南京医科大学设有16个学院（部）和1个独立学院——康达学院。在江苏、上海、浙江、山东等地拥有24所附属医院和50多所教学医院。南京医科大学现有在职教职工1700多人，其中南京医科大学编制专任教师853人。有教授188人、副教授252人，有博士生导师587人、硕士生导师2014人（含附属医院）。南京医科大学现有中国工程院院士1名，美国国家医学院外籍院士1名，“长江学者”特聘教授3名，“长江学者奖励计划”青年学者2 位，国家“万人计划”百千万工程领军人才1人，国家“千人计划”9人，国家杰出青年科学基金获得者8人，优秀青年基金获得者8人，国家级教学名师1人，入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”7人， “国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。南京医科大学是江苏省高层次人才培养计划——“333工程”培训基地。
南京医科大学现有一级学科博士学位授权点8个（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学、人文医学）、二级学科博士学位授权点50个；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点73个；博士后科研流动站7个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、28个国家临床重点专科、2个江苏省一级学科重点学科、3个江苏省一级学科重点培育学科。临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、药理学和毒理学、免疫学、一般社会科学7个学科进入ESI全球排名前1%。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、口腔医学是江苏省高校优势学科。
南京医科大学设有24个本科专业和3个“5+3”本硕一体化专业。目前，在校生总数为1.4万多人，已形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。
南京医科大学现有1个国家重点实验室、1个国家级国际联合研究中心、4个部级重点实验室、20个省级重点实验室（工程中心）。“十二五”以来，南京医科大学的科研水平不断跃升，承担了多项国家“863”、“973”项目，获得国家自然科学基金项目不断实现新突破，发表的SCI论文数量及论文影响因子均明显增长。2017年，我校获得292项国家自然科学基金项目，项目数位居独立设置医科大学第1位。连续多年被评为“江苏省科技工作先进高校”。
南京医科大学现已建成5门国家级精品课程，4门国家级精品资源共享课 ，有5个国家级特色专业、5个省级特色专业、4个省级品牌专业、2个国家级双语教学示范课程；建成2个国家级实验教学示范中心、1个国家级虚拟仿真实验教学中心、12个省级实验教学示范中心、19个中央和地方财政共建高校教学实验室、有1个国家级人才培养模式创新试验区。主编6部国家“十二五”规划教材。南京医科大学通过教育部临床医学专业认证，得到8年最长认证周期。南京医科大学的招生和就业工作受到社会各界的好评，就业率始终保持在95%以上，多次被评为“江苏省毕业生就业工作先进集体”。
南京医科大学设有两个校区（江宁校区和五台校区）。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1300亩，是行政、教学和科研中心。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是临床教学和研究中心。南京医科大学图书馆有纸质图书113万余册、中、外文电子图书540万余册，中、外文全文电子期刊约2.5万余种，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。南京医科大学主办有11种学术期刊。
近年来，南京医科大学广泛开展对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。南京医科大学与美国、加拿大、澳大利亚、瑞典、日本、台湾、香港等国家和地区的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系。南京医科大学于2002年恢复招收留学生和港澳台学生，现有在校留学生和港澳台学生500多人。
进入“十三五”，全校师生医护员工凝心聚力、统筹施策、开拓创新、改革攻坚，全面启动实施“十三五”发展规划，努力把南京医科大学建成国际知名、特色鲜明的高水平研究型医科大学。