南京医科大学基础医学院下设13个学系、1个国家级实验教学示范中心(基础医学)、1个国家级虚拟仿真实验教学中心（基础医学）。现有2个博士后流动站、2个一级学科博士点、13个二级学科博士点、2个一级学科硕士点、14个二级学科硕士点；1个国家重点学科、1个国家重点(培育)学科、1个省一级学科国家重点学科培育建设点(基础医学)、1个省一级学科重点学科(基础医学)、1个省一级学科重点学科培育建设点(生物学)；1个国家重点实验室、1个部级重点实验室、7个省重点实验室和工程研究中心，拥有一批国内先进水平的科研基地和实验技术平台。在2012年全国第三轮学位与研究生教育基础医学一级学科博士点评估中，基础医学一级学科排名全国第七。在2016年全国第四轮学科评估中，基础医学一级学科获评B+等级。基础医学一级学科同时为江苏高校优势学科建设工程一期项目、二期项目和三期项目立项学科。
基础医学院现有教职工345人，其中教师和专职研究人员233人。包括教授67人、副教授57人，博士生导师65人、硕士生导师34人。获得国家杰出青年科学基金3人、“973”首席科学家3人、国家海外高层次人才引进计划7人、全国优秀教师2人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选2人、江苏省特聘教授11人等荣誉称号。
基础医学院担负着我校本科、研究生及成人教育的培养任务, 承担全校各学制、各专业、各层次的基础课、专业基础课和专业课教学工作，开设了40余门本科课程，每年承担4万学时左右的教学任务，并着力打造五年制基础医学专业和法医学专业。基础医学院拥有2位国家级教学名师，2个国家级教学团队，1个江苏省“青蓝工程”优秀教学团队；1个国家级实验教学示范中心，1个国家级虚拟仿真实验教学中心；3门国家级精品课程，2门国家级精品资源共享课，1门国家级来华留学英语授课品牌课程，5门省级外国留学生英文授课精品课程；2018年获国家级教学成果奖二等奖1项，2017年获江苏省教学成果奖特等奖1项；近五年来，我院教师主持各级教改课题80余项，发表教学论文190余篇，主参编各类教材120余部，教师参加省级以上微课教学比赛获奖30余项；指导本科生申报江苏省高校大学生创新创业训练计划立项项目100余项，指导本科生参加省级以上竞赛获奖100余次。
近5年来，基础医学院获得国家级项目212项，总科研经费18782万元。其中，国家重点研发计划项目1项、国家重点研发计划青年项目1项、课题5项；973课题1项；“重大新药创制”科技重大专项1项；国家自然科学基金杰出青年基金项目1项，重大项目1项，重点项目5项，重点国际(地区)合作研究项目1项。发表SCI论文748篇，其中影响因子≥10的论文13篇，影响因子≥5的论文266篇。在Cell、Adv Mater、Circulation、Circ Res、Am J Respir Crit Care Med、Hepatology等期刊上发表学术论文多篇。获得教育部自然科学奖一等奖1项、二等奖1项，江苏省科技进步奖二等奖2项、三等奖2项。获得发明专利47项。
基础医学院先后和美国、英国、德国、法国、奥地利、加拿大、日本、新加坡、香港等国家和地区高等院校、科研院所建立了长期合作关系，为基础医学院的长期发展创造了良好的外部环境。