南京航空航天大学创建于1952年10月，是新中国自己创办的第一批航空高等院校之一。1978年被国务院确定为全国重点大学； 1996年进入国家“211工程”建设； 2011年成为“985工程优势学科创新平台”重点建设高校，2012年工业和信息化部、中国民航局签署协议共建南京航空航天大学，学校现隶属于工业和信息化部。1981年学校经国务院批准成为全国首批具有博士学位授予权的高校；2000年经教育部批准设立研究生院，目前研究生院主要负责全校研究生招生、培养、学位授予、思想政治教育、奖助，以及全校研究生导师队伍建设等工作。
南京航空航天大学现有一级学科博士授权点16个：数学、力学、航空宇航科学与技术、机械工程、仪器科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、交通运输工程、光学工程、电气工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、计算机科学与技术、软件工程、管理科学与工程、网络空间安全；一级学科硕士授权点34个。专业学位点8个，其中工程硕士专业学位共有23个专业领域。现有一级学科国家重点学科2个：航空宇航科学与技术、力学；二级学科国家重点学科9个：飞行器设计、航空宇航推进理论与工程、航空宇航制造工程、人机与环境工程、一般力学与力学基础、固体力学、流体力学、工程力学、机械制造及其自动化；国家重点（培育）学科2个：电力电子与电力传动、导航、制导与控制；国防特色学科7个。
南京航空航天大学现有专任教师1819人，高级职称1234人，硕士生导师1091人、博士生导师486人，院士及双聘院士10人，“千人计划”5人，“长江学者”13人，杰出青年基金获得者4人，全国教学名师3人，国家级、省部级有突出贡献的中青年专家21人，入选国家和省部级各类人才计划400余人次，享受国务院政府特殊津贴专家124人。现有在校硕士生7000多人，博士生1700多人。明故宫校区3700多人，将军路校区5000多人。其中，在校留学研究生220多人。另有非全日制学生2000余人。截至2016年底，学校共授予博士学位3252人，硕士学位29031人。
南京航空航天大学从多方面为研究生教育提供良好条件，2014年学校深化研究生教育改革，建立了全新的研究生资助体系；搭建了研究生创新培养平台，组织“临近空间杯”博士生科技创新大赛、“天宫杯”研究生创新实验大赛等赛事，设立校级“培育全国优秀博士学位论文基金”、“博士学位论文创新与创优基金”、 “研究生创新基地（实验室）开放基金”等，2015年“南京航空航天大学飞行器设计、制造与控制研究生协同创新基地”通过验收被认定为“工业和信息化部研究生创新基地建设单位”。学校还构建了符合南航特点、能适应国际竞争需求的研究生国际化培养体系，使研究生在校园内就可以接受国外知名高校的教学理念、教学方式和教学内容。2000年以来，学校获得国家和江苏省研究生教育教学成果奖22项，其中国家奖4项，江苏省特等奖3项，一等奖8项。截至2016年底，获全国优秀博士学位论文6篇、全国优博提名15篇，江苏省优秀博士学位论文77篇、省优秀硕士学位论文164篇。
2016年南京航空航天大学研究生在“全国研究生创新实践系列活动”中取得突破性成绩。在第十一届中国研究生电子设计竞赛中首次斩获大赛一等奖1项，二等奖2项，三等奖2项，实现了该赛事中一等奖零的突破。在第十三届全国研究生数学建模竞赛中，我校共获一等奖3项、二等奖31项、三等奖21项，总成绩位列全国高校第八名。在第二届中国研究生未来飞行器创新大赛中，取得一等奖2项、二等奖1项、优秀奖8项的优异成绩，一等奖获奖数位列全国第二，并获第三届中国研究生未来飞行器创新大赛的承办权。
通过多年发展，我校研究生教育水平不断提升,确立了“创新是灵魂、实践是基础、制度是保障、质量是生命”的研究生教育理念，树立了“夯实知识基础，重视工程实践，优化培养体系，激励创新创造”的研究生培养工作方针，形成了“培养模式特色鲜明、整体质量不断提升、拔尖人才不断涌现”的研究生教育体系，明确了“创新能力强、实践能力强、国际视野宽、文化素质高”的研究生培养目标。