海洋环境与工程学院，是上海海事大学航运、物流、海洋三大学科群中的海洋类支柱学院。为“一带一路”“海洋强国”国家战略培养高级海洋专业人才，提供海洋科技支撑。
科研系列设1院4所2室21中心：海洋材料科学与工程研究院、船舶与海洋工程研究所、安全科学与工程研究所、航运环境保护研究所、港口航道与海洋工程研究所，上海市高校重点实验室“深海极端环境服役材料实验室”、宝钢股份“海洋极端环境钢铁材料制备与蚀损控制联合实验室”，以及上海市海洋局深海装备材料与防护工程技术研究中心等21个科研中心。
学位点系列设：3个二级学科博士点（海洋运输工程材料与防护、海岸与海洋工程管理、交通运输安全与环境工程）；1个一级学科硕士点“水利工程”，1个工程硕士点（水利工程领域）；6个二级学科硕士点：海洋运输工程材料与防护，交通运输安全与环境工程，港口、海岸及近海工程，水工结构工程，水文学与水资源，海岸与海洋工程管理。
海洋环境与工程学院现有教职工123人：专任教师96人（教授17人，副教授25人，博士学位94%），实验教师16人、思政教师7人、行政管理人员4人。有教育部长江学者特聘教授1人、国务院特殊津贴专家1人、上海市领军人才1人，教育部新世纪优秀人才1人、上海市优秀技术带头人1人、上海市教学名师1人，曙光学者1人、晨光学者5人、交通青年科技英才2人、青年东方学者2人。海洋环境与工程学院现有在校生1548人（本科生1302人，各类研究生161人）。
海洋环境与工程学院现有14700平方米的教学、科研与实验用房，近年投入资金7000余万元。拥有环境工程原理实验室、水污染控制工程实验室、环境化学实验室、环境监测实验室、紫外线仪器实验室等；安全监测技术实验室、船舶火灾安全工程实验室、燃烧学实验室、安全人机工程实验室、通风安全工程实验室、船舶清洁高效灭火实验室；土力学实验室、水力学实验室、工程地质与水文实验室、建筑材料实验室；透射电镜室、透射扫描水循环实验室、金相制样室、扫描电镜室、力学性能实验室、深海极端环境模拟实验室、海洋材料腐蚀与防护研究室、海洋功能材料研究室、海洋生物与药物研究室、材料成型与加工研究室、材料表面工程与技术研究室、核磁共振室、微生物培养与分析室、热分析室、光谱分析室、X射线衍射分析室等一批国际先进水平实验室。
海洋环境与工程学院主要研究领域有：海洋极端环境钢铁材料制备与蚀损控制、海洋材料微生物附着机制及防污技术、高技术船舶设计与制造、海洋结构物设计建造及性能评估、船舶与海洋结构物水动力性能、海洋运输安全与公共安全工程、火灾爆炸和危化品安全、船舶及港口防污染技术、近海海域环境污染控制技术、海岸与深海水动力、港口与海岸工程技术等，其中深海材料研究达国际先进水平。