上海海事大学是一所以航运技术、经济与管理为特色，具有工学、管理学、经济学、法学、文学和理学、艺术等学科门类的多科性大学。上海海事大学发展历史源于1909年晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）船政科，是中国高等航海教育发轫地，1912年成立吴淞商船学校，1928年更名为吴淞商船专科学校，1959年交通部在沪组建上海海运学院，2004年经教育部批准更名为上海海事大学。为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划，上海海事大学主体搬迁临港新城。2004年11月19日，新校建设破土动工，并于2008年10月基本建成。2009年上海海事大学研究生教育学院整体搬迁临港，并完成首届招生。现有校园占地面积133万余平方米，总建筑面积60万平方米，绿化率52%，水域面积8万平方米。新校区及其完善的功能配套设施将成为上海海事大学更好地为上海国际航运中心建设、为中国和世界海运事业发展服务的一个新的平台。
上海海事大学研究生教育始于1979年，是我国首批经国务院学位委员会批准有权授予硕士学位的高等院校之一。1986年7月成立研究生部，2014年4月成立研究生院，负责全校研究生教育和教学管理工作。1994年起具有单独入学考试招收在职研究生的自主权；1995年获准面向港澳台地区招收研究生；1996年开始与荷兰马斯特里赫特管理学院联合培养工商管理硕士（MBA），并获得外国留学生招生权；1997年成为全国56所工商管理硕士（MBA）研究生办学试点单位之一，并获得在职人员以同等学力申请硕士学位授予权；1998年成为博士学位授予单位，同年开始招收企业及经济管理部门管理人员在职攻读工商管理硕士（MBA）学位，并获得工程硕士专业学位授予权。截至2014年1月，上海海事大学共有2个博士后流动站，2个一级学科博士学位授权点，19个二级学科博士学位授权点，13个一级学科硕士学位授权点，59个二级学科硕士学位授权点，6个专业学位硕士授权点和10个工程硕士专业学位授权领域。学科专业涉及工学、管理学、经济学、法学、文学五大门类、17个一级学科和相关二级学科。、
作为一所以航运为特色的多学科大学，拥有集装箱供应链技术教育部工程研究中心、航运仿真技术教育部工程研究中心、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、教育部科技查新工作站、上海市普通高校人文社会科学重点研究基地——上海海事大学海商法研究中心、上海航运物流信息工程技术研究中心、上海市社会科学创新研究基地（上海航运中心建设研究方向）等省部级重点研究基地。上海海事大学在加强研究生基础教育、专业技能训练的同时，重视研究生参与科研项目，在许多国家级、省（部）级重大项目中，研究生都成了主要参与者，在围绕将上海建设成为国际航运中心的有关项目和课题研究中做了不少工作，如“外高桥保税区经济发展与管理模式的研究”、“上海港港口发展战略若干问题的研究”、“运输网络中的交通控制系统”等，还参与了航海科学项目的研究及港航企业的设备管理、改造项目，如“轮机模拟器”、“航海操纵模拟器”、“大型柴油机机舱综合仿真系统”等。
上海海事大学在国内外高等院校和学术界，尤其在国际航运界的影响日益扩大，受到联合国有关机构和国际海事组织IMO的广泛重视，与国际航运教育和科研机构有着密切的联系。上海海事大学同联合国亚太经社会合作举办了两期学制为三年的航运经济管理研究生班；由上海海事大学组织教学的中英浦东高级商务英语培训部也设在上海海事大学；1990年起，上海海事大学先后与欧亚拉美等10多个国家和联合国有关机构联合举办了60余期各类专门业务讲习班、研讨班、讲座和讲学，与波兰格丁尼亚高等海洋学校、前苏联敖德萨海运学院、日本神户商船大学、日本东京商船大学、荷兰马斯特里赫特管理学院、韩国釜山大学等建立了校际关系，并与英国剑桥大学、英国卡迪夫大学、德国汉堡应用技术大学、美国纽约州立大学海运学院、美国太平洋大学麦乔奇法学院、澳大利亚海运学院、西澳大利亚大学、世界海事大学、美国缅因海事大学，香港理工大学等都有合作或交流，上海海事大学还与波罗的海国际航运工会、日本邮船株式会社、丹麦诺登轮船公司、意大利船级社、法国布雷斯特科技园区、美国福茂集团等建立了密切的合作关系。
在专业学位教育方面，自1996年开展MBA教育以来，上海海事大学陆续获得了多个专业学位授权点和工程硕士专业学位授权领域，先后为行业内许多知名企业培养非全日制专业学位研究生，近年来随着专业学位研究生教育的发展，上海海事大学与行业顶尖企业建立合作培养基地，为专业学位研究生实习实践提供平台。
上海海事大学实行校、院二级管理体制，现有10个研究生培养学院，包括商船学院、交通运输学院、经济管理学院、物流工程学院、信息工程学院、外国语学院、海洋环境与工程学院、法学院、文理学院、科学研究院等。