上海海事大学交通运输学院作为全国最早创立交通运输工程专业及第一批硕士点院校之一，积累了半个多世纪的人才培养与学科研究的丰厚经验，逐步发展成为我国从事交通运输（水运管理）专业教学与研究的主要基地。
目前，交通运输学院学科体系完整，人才培养层次齐全，现拥有交通运输规划与管理博士学位授予权，交通运输工程、交通运输规划与管理2个硕士点，国际航运与物流、物流工程与管理2个中外合作研究生培养项目，交通运输、航运管理、物流管理、交通工程4个本科专业，在校全日制研究生350余人，本科生近2200人。其中交通运输规划与管理学科于2007年和2008年先后被国家教育部和上海市批准为国家重点（培育）学科和上海市重点学科。物流管理、航运管理专业为国家级特色专业，交通运输、航运管理、物流管理被列为上海市本科教育高地。
交通运输学院拥有一支结构合理、实力雄厚的师资队伍，共有专任教师82名，教授14人（含博导8人），副教授30人。教师中已具有博士学位和正在攻读博士学位的人数占交通运输学院教师总数的91.5%。
交通运输学院大力开展科学研究，重视企校合作，目前建有虚拟现实实验室、水运系统决策技术与评价重点实验室、现代港口综合实验室、数字物流实验中心实验室、码头自动化控制实验室、交通工程实验室、FFA实验室等科研平台，科研成果丰硕。
交通运输学院早在1983年就与亚太经社会合作培养航运研究生班，近年又与世界海事大学、西澳大利亚大学合作培养研究生，与中西非地区海事大学合作开办物流管理本科专业，与香港理工大学、美国麻省海运学院、韩国仁荷大学建立互换学者及学生的交流机制。
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