基础学院的前身是基础医学部，成立于1958年，2004年7月更名为基础学院。下辖生物医学工程系、8个教研室、4个实验教学中心，设有基础医学研究中心及免疫研究所。拥有基础医学一级学科博士学位授权点；基础医学、生物医学工程一级学科硕士学位授权点；拥有省级重点学科、省级重点实验室。
基础学院汇聚珠江学者、羊城学者、南山学者、省优秀青年骨干教师、南粤优秀教师、市优秀教师、教学名师等一批优秀教师，承担本校博士、硕士、本科等多个层次的医学基础及专业课教学，同时承担国家级、省部级及市厅级等不同级别的科研项目。
近三年间，通过“外引内培、引育结合”的方式打造高素质师资队伍，全职引进海内外高层次人才；重视引进人才的培养与发展，2018年基础学院三名引进人才获得“珠江学者”人才称号；积极引导和激励教师开展教育教学研究与改革，培育校内各层次“南山学者”，为教育教学改革的深入开展增添新生力量。
围绕培养具有人文情怀、国际视野、创新精神和实践能力的复合型人才目标，基础学院从提升师资教学能力及拓展学生国际视野着手，探索2+2办学模式，不断扩大与世界各地高水平院校的合作及交流；以学生综合素质、学习能力及实践能力培养为目标，创建网络化教学资源，广泛开展人文素养、政治思想教育及各项理论实践教学改革，先后获得省级教学研究项目、省市教学成果奖十余项，建成国家级虚拟实验教学示范中心、国家级精品共享课程培育项目、省级视频公开课及示范课程、省级实验教学示范中心及大学生创新实验平台，为各专业学生的优质教学奠定了良好基础，指导学生先后在全国及省级大学生学科及专业技能大赛中获得特等奖、一、二等奖多项。
2015年6月，基础医学（免疫学）纳入市重点学科、广东省高水平大学重点学科建设项目。2016年3月，依托于病理生理学学科的泛素-蛋白酶体修饰与降解实验室获批广东省教育厅重点实验室。2018年基础医学获批一级学科博士学位授权点，生物医学工程获批一级学科硕士学位授权点。2018年基础医学学科获批为广州市重点学科，一级学科基础医学入选“冲一流、补短板、强特色”提升计划重点建设学科。共建附属医院的科技竞争力和临床排名明显提升，研究生培养质量明显提高。