广州医科大学于1985年开始招收培养研究生；2001年，经国务院学位委员会批准，广州医科大学成为广东省首个拥有博士学位授予单位的市属高校。广州医科大学历年来十分重视研究生教育的培养和管理。1999年，广州医科大学成立研究生处；后为适应新形势下研究生教育的发展，进一步提高研究生培养质量，研究生处先后更名为研究生部、研究生学院，并于2014年在广州医科大学研究生教育开展30周年之际，研究生学院正式更名为研究生院。
广州医科大学具备硕士研究生推免资格，现有的研究生教育涵盖硕士生教育（含同等学力人员申请硕士学位）和博士生教育，拥有一级学科博士授权点1个（临床医学，涵盖20个二级学科，包括自设临床病理学与病理生理学和临床药理学两个学科），一级学科学术学位硕士授权点6个（临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、护理学、管理科学与工程），涵盖二级学科硕士授权点37个；独立学术学位二级学科2个（药理学、生物化学与分子生物学）；专业硕士学位授权点4个（临床医学、口腔医学、公共卫生、药学），硕士点学位授予包括了医学博士、医学硕士、临床医学专业硕士、理学硕士和管理学硕士等5个学位类型。此外，广州医科大学还拥有国家重点学科1个，省级（部级）一级重点学科1个，二级重点学科4个，市级重点学科10个，这一系列重点学科的建设都有力地推动了广州医科大学对研究生的教育和培养。
经过三十多年的发展，广州医科大学研究生教育形成了鲜明的办学特色：（1）产学研一体化培养模式。广州医科大学研究生教育秉承"厚德修身，博学致远"的校训，坚持以人为本、理论与实践相结合的培养原则，实行产学研一体化的人才培养模式，先后建立10个研究生校外培养基地，并与广州医科大学附属医院及多家医院结成共建单位，打造"校内上课、医院实操"的研究生培养模式，夯实学生的专业基础和专业能力。（2）注重培养具有创新精神和实践能力的高素质实用型人才。近年来，我校研究生获得的全国优秀博士论文提名、省优秀博士学位论文、省优秀硕士学位论文的数量不断增加，发表的高水平论文数量和质量也在不断提高；在全国各类竞赛和社会实践活动中，如挑战杯和广东省大学生校园文化艺术节等，我校研究生屡获佳绩。（3）重视对外学术和教育交流合作。目前，广州医科大学已启动了与台湾、英国大学合作培养研究生的办学模式；并先后与美国、法国、英国、韩国、澳大利亚、香港、台湾等国（境）内外高等院校和研究部门开展合作办学和学术交流活动，每年都选派优秀研究生出国学习和进行科研交流活动。此外，一批国外著名高校专家被我校聘为特聘教授、名誉教授或客座教授，不定期为我校研究生传道授业，推动了广州医科大学研究生教育与国际接轨。