徐州医科大学的药学院始于1997年在江苏省内率先开设的临床药学专业方向；2002年成立临床药学系，印晓星教授任首任系主任；2003年开设药学专业；2005年更名为药学系；2008年再次更名为药学院；2009年临床药学专业获批；2011年药物制剂专业获批。现拥有药学、临床药学、药物制剂3个本科专业。
专业建设成效显著推动药学学科的发展。2008年，药学专业成为国家特色专业建设点和江苏省特色专业。2012年，药学院的药学、临床药学、药物制剂3个本科专业组成的药学类专业获批成为江苏省“十二五”重点专业类。2015年，药学专业成为江苏省品牌专业。2010年，药学一级学科获药学科学学位硕士授予权，现有药理学、药物化学、药物分析学、药剂学和临床药学5个二级学科硕士点。2013年，药学学科获一级学科药学专业学位硕士授权；2014年，药学学科成为江苏省优势学科——医药生物学、药学生物学二级学科获得博士学位授予权。
目前，药学学科有专任教师51人，其中具有博士学位41人，现有教授7名、副教授33名。其中省“333工程”第二层次培养对象1人、第三层次培养对象4人；省“六大人才高峰”培养对象5人；省“青蓝工程”中青年学术带头人5人、优秀青年骨干教师5人。
近3年，药学院累计承担各类科研项目56项，其中国家自然科学基金项目22项，省部级课题18项；在国内外重要学术刊物上发表论文近240篇，其中SCI收录论文120余篇。
主编《生物药剂学与药物动力学》为“十二五”国家级规划教材和江苏省级精品教材，主编《临床药理学》为中国医药科技出版社“十三五”规划教材；《临床药理学》课程也是江苏省省高校在线开放课程、省级精品课程；《药学概论》、《药物色谱分析》为江苏省研究生优秀课程。
在人才培养方面，“医药兼备的临床药学人才培养模式的探索与实践”、“校企协同创新机制下培养药学应用型创新人才模式的探索与研究”荣获江苏省高等教育教学成果二等奖。
药学院始终发扬“敢想、敢为、创业、创新”的精神，致力于人才培养、科学研究及社会服务。以“以人为本，药学服务”的现代药学教育理念为先导，以教学改革、科学研究为重点，力争把药学院建设成为立足苏北、服务江苏、辐射全国的具有鲜明特色的药学人才培养基地和科研服务平台。