药学院成立于2001年，目前设有药学、药物制剂、制药工程3个本科专业，拥有药学、中药学2个一级学科硕士学位授权点和制药工程工程硕士授权领域。2013年药学一级学科获批校级重点学科，2014年“生物技术及其医药转化”获批江苏高校优势学科建设工程，药理学与毒理学学科（领域）首次进入ESI全球大学和科研机构排名前1%。药学院下设中药学与药学系、药剂学系、制药工程系和药学中心实验室，现有在校本科生654人，硕士研究生160人。
药学院现有教职工65人，其中专任教师中博士生导师8人，硕士生导师42人，教授12人，副教授31人，具有博士学位教师达100%（含在读），海外留学研修教师达60%，“国家百千万人才工程”入选人员1人，国家有突出贡献中青年专家1人，江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科技领军人才1人，省“双创团队”领军人才1 人，省杰出青年基金获得者1人，“江苏特聘教授”2人，“江苏省高层次创新创业人才引进计划”（双创计划）2人，江苏高校“青蓝工程”中青年学术带头人1人、优秀青年骨干教师2人，江苏省“六大人才高峰”8人，享受国务院政府特殊津贴人员1人。
药学院科研学术氛围浓厚，近年来承担国家“十一五”、“十二五”国家科技支撑计划项目、国家“863”项目子课题、国家自然科学基金重点项目及面上项目、江苏省自然科学基金、江苏省科技支撑项目等各级各类课题，总经费6000余万元；获省市科技进步奖16项，其中教育部科技进步一等奖2项，中国商业联合会科技进步特等奖1项，省部级二等奖3项，申请发明专利120余项，其中国际PCT专利3项，授权61项，其中，美国专利3项，作为第一或通讯作者在Chemical Society Reviews（IF33.383）、Cancer Cell(IF: 26.566)、Advanced Functional Materials（IF：11.088）、Biomaterials(IF:8.577)、Small(IF:8.368)等国际权威杂志发表高水平论文，主编、参编论著 18部。目前牵头建设“江苏省食品新资源药用功能开发工程研究中心”，共建了江苏省名方制剂开发与中试研究科技服务平台、江苏省超临界萃取天然药物工程技术研究中心、水飞蓟深度开发工程技术研究中心，“安徽省石斛产业化开发协同创新中心”协同单位，与江苏索普兴大药业等企业联合建设了合成药物研发中心、天智绿业药物研究所等研究机构，已逐步形成了纳米药物传递与干细胞组织工程、脂筏色谱与中药筛选、生物活性化合物合成筛选、药物设计及其作用机理、物质基础及药理机理、道地药材品质评价、天然活性成分高效分离与产品开发、中药新制剂与质量评价、药用新材料等特色研究方向。
近年来药学院加强国际化进程，与美国哈佛大学、南加州大学、堪萨斯大学，澳大利亚悉尼大学、英国诺丁汉大学、日本京都大学等海外高校建立了学术交流与协作关系，聘请了多名海外知名专家为学院兼职教授。已开设药学专业来华留学本科生班，同时已招收留学硕士、博士研究生。
在办学过程中，始终坚持教学工作的中心地位，教师教风严谨，学生学风优良，在第十三届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛中荣获特等奖，毕业生就业率高。药学院坚持以本科教育为主体，积极发展研究生教育，以“教好书、育好人、创好药”为办学宗旨，通过学科交叉、渗透，工药结合，努力创建特色专业与特色学科，不断提高办学质量与办学层次，创品牌、出效益，努力把我院建设成为省内有较大影响的教学研究型学院，为国家经济建设培养需要的高级药学技术人才。