南京工业大学土木工程学院源自同济医工学堂，办学历史可追溯到1915年。1933年建同济高工，1951年迁至南京，1980年更名为南京建筑工程学院，2001年与原南京化工大学年合并组建南京工业大学后，原土木工程系更名为土木工程学院。2010年8月，土木工程学院部分学科专业和工程管理专业联合组建了现在的土木工程学院。在百年的办学历程中，土木工程学院建成了包括学士、硕士、博士、博士后在内的完整的人才培养体系，向社会输送了2万余名毕业生，得到社会各界的普遍欢迎和高度评价。
土木工程学院现有土木工程本科专业。该专业为江苏省首批特色专业，2011年5月顺利通过了第三次专业评估，获得了8年有效期，成为全国第17个获此殊荣的高校。土木工程专业是国家特色专业建设点、国家卓越工程师教育培养计划首批试点专业。土木工程学院拥有土木工程一级学科博士后流动站，土木工程一级学科博士点，土木工程、建筑与土木工程领域等专业学位点。土木工程学院拥有江苏省土木工程与防灾减灾重点实验室、学校建设标准国家研究中心、江苏省绿色建筑工程技术研究中心、南京工业大学绿色建筑产业科技园等重要学科平台。
土木工程学院目前在校本科生1800余名，全日制研究生近600名，工程硕士近200名。土木工程学院现有教职工100人，其中顾问及双聘院士4人，“长江学者”特聘教授1名，国家自然科学基金委杰出青年基金（海外）获得者1名；省部级优秀工作者3人，江苏省有突出贡献的中青年专家1人，江苏省教学名师1人，江苏省333人才计划获得者4名，江苏省“六大”高峰人才7人，江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人和优秀青年骨干教师6人，江苏省双创博士1名；南京工业大学“工大才俊”2人。国家外专局高端外籍专家2名，形成了老中青相结合、学历层次较高、学缘结构和知识结构较为合理的师资队伍。
土木工程学院紧密结合国家建设需要开展科学研究和科技服务，在结构抗震减震及综合防护、绿色建筑与建筑节能、钢结构及组合结构、复合材料结构、竹木及工程复合木结构、桥梁工程、工程管理、房地产经营等方面已形成了特色，完成了一批有重要影响的重大项目。近五年获得包括国家自然科学基金重点项目、国家973项目、国家863项目在内的各类基金项目200余项，科研经费超亿元；获得了包括国家科技进步二等奖、国家高等教育教学成果一等奖、二等奖、江苏省科技进步一等奖、二等奖，江苏省高等教育教学成果一等奖、二等奖、黑龙江省科技进步一等奖在内的多项科技奖励，多项科技成果在杭州湾跨海大桥、昆明新国际机场航站楼、南京地铁等重大工程中得到重要应用。
土木工程学院正围绕学校 “综合性、研究型、全球化”高水平大学的宏伟目标，本着“培育卓越人才，服务家国社会，崇尚学术自由，学问世界水平”的办院理念，凝心聚力谋发展，开拓创新上层次，乘势而上求跨越，力争在10年内实现“世界知名，中国卓越”到“世界著名，中国一流”的战略目标。