经济学院目前设有经济学系、国际经济贸易系、金融与保险学系、产业经济学系4个系和人口研究所。经济学院是国家级2011计划“中国特色主义经济建设协同创新中心”的主要参与单位，是江苏省2011计划“区域经济转型与管理变革协同创新中心”的牵头单位，拥有国家教育部人文社会科学百所重点研究基地“南京大学长江三角洲经济社会发展研究中心”、国家文化部重点研究基地“南京大学文化产业研究所”、还拥有两个“江苏决策咨询研究基地”，拥有1个江苏省哲学社会科学研究基地“苏南率先基本实现现代化研究中心”等研究机构，以及国家985哲学社会科学创新平台“经济发展与转型研究中心”和国家级经济学基础人才培养基地。经济学院拥有理论经济学和应用经济学一级学科博士学位授予权，有本科专业5个，硕士点（含人口研究所）9个，二级学科博士点8个，博士后流动站2个，国家重点学科1个，国家重点培育学科1个，江苏省一级重点学科2个。
经济学院拥有一批具有国外留学背景、学术水平较高、年富力强、团结奋进的师资队伍。现有教师77名，海外博士学位获得者 18人,教授36人，副教授23人，其中教育部社会科学委员会委员2人（副主任委员1名），国务院学科评议组成员1人，教育部教学指导委员会委员2人，教育部长江学者特聘教授4人，国家级教学名师3人，教育部新世纪人才7人。在科学研究方面，经济学院经获得国家人文社会科学成果奖二等奖4次，三等奖1次；江苏省哲学社会科学优秀研究成果奖一等奖10多次、并有4人先后获得全国经济学界最高奖-孙冶方经济科学奖。另外，有4人获得过“全国百篇优秀博士论文奖”，2人获得了“黄达-蒙代尔”学术奖，1人获得张培刚发展经济学奖，1人获得刘诗白经济学奖。
在人才培养方面，强调“加强基础，注重应用，培养能力，提高素质”，培养了一大批深受社会欢迎的经济专门人才。近些年，经济学院努力改革课程体系和教学方法，积极引进海外名校教授讲授系列的、先进的经济学课程；与校内其他院系进行联合培养试点；开展了丰富的学术活动。经济学系与国际贸易系是教育部“教育部高等学校特色专业建设点”与“江苏省重点专业”，经济系还获评“教育部人才培养模式创新实验区”。经济学院已经先后获得教育部高等教育教学成果二等奖4次。
经济学院致力于发挥智力优势为社会服务，每年主办“江苏发展高层论坛”，邀请国内外高层次学者、政府官员、企业家参与，为江苏的经济发展、企业经营提供咨询，被五任省委书记誉为“智力库”、“参谋部”和“桥梁与纽带”，每次论坛全省四套班子领导全部参加；与企业建立横向联系，承担了多项科研项目，许多教师还受聘担任省市及大企业的高级顾问，为地区经济发展出谋划策，已成为区域经济发展和政府决策的智囊团。