中国农业大学经济学院源于1927年国立京师大学校成立的农业经济系。1949年原燕京大学农学院、清华大学农学院和华北大学农学院合并成立北京农业大学，同时下设农业经济系。1952年高等院校院系调整时，从全国抽调的一批著名农业经济学家壮大了北京农业大学农业经济系。1985年扩建为农业经济管理学院，1993年扩建为经济管理学院。2002年6月经济管理学院和管理工程学院合并组建成现在的经济管理学院。原管理工程学院创立于1995年，由中国农业大学原乡镇企业与社会发展学院、管理工程教研室、系统工程教研室及农业经济教研室合并而成。
经济学院现有农林经济管理和管理科学与工程两个国家一级学科，农业经济管理学科博士后流动站一个。其中农林经济管理一级学科下的农业经济管理二级学科是国家重点学科。