1979年，学校成立系统工程系（自动化系）和系统工程研究所，这是国内最早成立的系统科学与系统工程的教学与科研机构。著名科学家钱学森专程到校考察系统工程本科专业学生培养工作，并在系统工程研究所成立大会上发表讲话。同年，与美国麻省理工学院斯隆管理学院正式签订校际合作协议，这是改革开放后上海市最早的中外合作办学项目。
1981年，与美国麻省理工学院斯隆管理学院等高校合作，开始举办全英文授课硕士班。1983年，美国《华尔街日报》发表专题报道，认为“此举开创了中国MBA教育的先河”。
1992年，系统工程系和系统工程研究所合并成立系统科学与系统工程学院。1999年，更名为管理学院。2004年，上海医疗器械高等专科学校管理系划归管理学院。2005年，由中国科学院系统科学研究所、上海理工大学、北京师范大学合作组建上海系统科学研究院。钱学森亲自题词命名。
学校商学院始建于1988年，渊源可追溯到1921年沪江大学创办的商业管理系。1996年，商学院与上海机械高等专科学校的管理工程系合并重组成立新的商学院。
2006年，管理学院与商学院、工商管理MBA教育中心合并重组成立新的管理学院。2009年，学校城市建设与环境工程学院交通工程系划转至管理学院。
2018年5月，管理学院正式通过AACSB（The Association to Advance Collegiate Schools of Business,简称AACSB）国际认证，学校成为大陆地区第20所、上海市第6所通过AACSB国际认证的大学，也是非教育部高校中首个通过AACSB国际认证的大学，标志着学院进入国际精英商学院序列。2020年12月，管理学院成为EFMD正式会员。2021年12月，管理学院正式加入联合国全球契约组织“责任管理教育原则”（The Principles for Responsible Management Education,简称PRME），成为中国（含港澳台地区）第28所签署高校。
管理学院下设10个系和2个中心：信息管理与信息系统系、工业工程系、会计系、工商管理系、公共管理系、财政税务系、金融系、国际经济与贸易系、系统科学系、交通系统工程系，专业学位教育中心、高级管理者培训与发展中心。另设有中国机械工业会计审计研究中心、教育部国别和区域研究中心——中国周边经济研究中心、上海市人民政府发展研究中心——上海理工大学“基于互联网+的上海创新发展”决策咨询研究基地、“十四五”上海民政科研基地、上海高校人文社会科学重点研究基地——上海理工大学电子商务发展研究院、企业创新能力研究中心、超网络研究中心、复杂系统科学研究中心、创业教育研究中心等研究机构。
管理学院已实现多类型、多层次办学模式。学科涉及四个学科门类：管理学门类下的管理科学与工程、工商管理、公共管理3个学科；经济学门类下的应用经济学1个学科；理学门类下的系统科学1个学科；工学门类下的交通运输工程、系统工程2个学科。
管理学院设有12个本科专业：信息管理与信息系统、管理科学、工业工程、工商管理（中美合作）、会计学、公共事业管理、金融学、税收学、国际经济与贸易、人工智能、交通工程、系统科学与工程；一级学科博士学位授权点2个：管理科学与工程、系统科学；一级学科硕士学位授权点6个：管理科学与工程、系统科学、应用经济学、公共管理、工商管理、交通运输工程；硕士专业学位授权点11个：工商管理硕士、公共管理硕士、工程管理硕士、国际商务硕士、金融硕士、会计硕士、税务硕士、交通运输硕士、工业工程与管理、项目管理、物流工程与管理；博士后科研流动站2个：管理科学与工程，系统科学。其中系统科学、管理科学与工程是上海市高水平学科，应用经济学（经济系统运行与控制）是上海市教委重点学科。在全国高校第四轮学科评估中“系统科学”排名第3，“管理科学与工程”排名第19。在全国第五轮学科评估中，“系统科学”取得历史性突破，进入国家第一梯队，“管理科学与工程”继续保持领先优势。
汪应洛院士任院务委员会主任。目前管理学院有教职工279人，专任教师（含博士后）231人，其中国务院学科评议组成员2人，国家自然科学基金优秀青年基金1人，教育部高等学校管理科学与工程类专业教指委委员2人，全国优秀教师1人，教育部新世纪优秀人才支持计划2人，教育部霍英东基金青年教师1人，王宽诚育才奖1人，机械部跨世纪人才学术带头人2人，宝钢优秀教师3人，上海市青年拔尖人才1人，上海市领军人才1人，上海领军（海外）1人，上海市教育委员会曙光计划6人，上海市教育系统首届科研新星1人，上海市浦江人才计划10人，上海市育才奖3人，上海市青年科技启明星计划2人、上海市晨光计划2人、上海市扬帆计划6人，上海市超级博士后3人，科技智库青年人才计划2人。全院具有正高级职称人员33人，副高级职称99人，具有博士学位216人。
近三年，管理学院获批立项国家级项目33项，其中国家自科基金项目26项，国家社科基金项目7项，各类科研项目到款3843万元；发表A类论文832篇，SCI/SSCI论文538篇；有120多份咨询报告被全国政协、中办、中宣部、上海市委市政府等采纳，并获国家最高领导人、副国级领导人、上海市领导批示；出版专著35部、编著44部；完成发明专利25项；完成软件著作权36项；学生获市级以上重大奖项764项。
管理学院现有1个本科中美合作办学项目。2018年，与美国威斯康辛大学、法国布雷斯特商学院、美国新泽西州立罗格斯肯顿商学院签订了合作协议，每年邀请大量外籍教师来院为合作办学项目授课和讲学，选派大量学生赴境外学习交流，接收了来自瑞典、德国、美国等国家的国际交流生百余人来院学习。