21世纪，人类将面临空前未有的全球性环境挑战。环境科学已成为世界上引人注目的学科。保护环境是中国的一项基本国策。为了适应我国环境科学和环境保护事业迅猛发展的需要，发挥我校综合大学的办学优势，培养一流的环境科学人才，于1996年新建了环境科学与工程系，目前拥有环境科学与工程一级学科博士点，可授予本科、硕士（环境科学、环境工程、环境管理）、博士学位（环境科学、环境工程、环境管理）。环境科学与工程系有一支高学历、年轻化的教学和研究队伍，现有教职员工88人，包括教学科研人员70人，实验技术人员9人，行政管理人员 6人，专职辅导员3人。在教学科研人员中，教授/研究员28名，副教授（含青年研究员）37名，讲师（含青年副研究员）5名。其中，国家“千人计划”教授2名，国家“青年千人计划”教授5名，教育部长江学者奖励计划特聘教授1名，国家优秀青年科学基金获得者2名，5人入选教育部新（跨）世纪优秀人才支持计划。另有上海“东方学者”3人、“浦江人才”9人、“曙光学者”1人、“扬帆计划”1人。近五年来，环境系还柔性引进长江学者讲座教授1人，上海千人讲座教授1人，东方学者讲座教授1人。同时，聘请了15位国内外知名专家学者任荣誉教授、讲座教授或兼职教授。国际欧亚科学院（The International Eurasian Academy of Sciences）院士、欧罗巴科学院（Academia Europaea）院士、芬兰科学院院士（Academy Professor, The Academy of Finland）Kulmala教授受聘担任讲座教授。国际著名大气化学家Hartmut Herrmann和Christian George也于2015年7月正式受聘为复旦环境系兼职教授。
江湾校区环境科学楼
目前，复旦环境科学与工程学科入选国家“一流学科”建设名录，还拥有“上海市大气颗粒物污染防治重点实验室”、科技部“气候变化与环境研究国际科技合作基地”、“国家级环境科学虚拟仿真教学实验中心”等学术与教学平台。
环境科学与工程系发挥复旦大学学科综合、交叉的优势，主要学科方向既包括以大气化学等领域为重点的环境科学方向和以水污染控制为主题的环境工程方向，也包括以人口、资源与环境经济学为核心的环境经济与管理方向和以城市可持续发展为主题的城市生态与规划设计方向。研究领域包括环境化学、大气环境、环境监测、污染控制、水/气处理工程、城市生态学、环境设计与规划、环境经济与管理、新能源等多个方面，并逐步聚焦形成了以全球环境变化和流域污染控制为特色的两大研究主题。在全球环境变化研究方向，围绕人类活动对全球环境的影响所涉及的关键科学问题，开展了全球变化与大气气溶胶化学、气溶胶长程传输及多相反应、大气痕量气体先进观测技术、生物地球化学循环、污染物自由基化学和光化学、全球变化的社会经济综合评价、低碳生态城市规划以及全球变化下的人类健康与食品安全等热点领域的研究。在流域污染控制研究方向，围绕国家在水资源和水安全领域的重大需求，将污染控制和流域生态规划相结合，开展了流域范围内农村生活污水处理、农村固体废弃物处理与资源化、农田地表径流及低污染水深度处理、水体富营养化控制、水质在线检测与监控、流域大气沉降及其生态效应、水环境规划与管理等方面的研究。
近五年来，环境科学与工程系积极面向国家环境保护与生态建设的重大战略需求，在自然基金重点、重大项目，国家重点研发计划项目申报，重大地方应用项目申报中取得可喜成绩。2014年至2018年10月，科研经费累计到款近2.1亿元，其中2016年首次突破六千万元，达到6509.86万元；科研立项共计431项，其中横向199项，纵向230项。在81项国家自然科学基金项目中，重点项目3项, 国家重点研发计划项目2项，重大仪器计划项目2项，国际(地区)合作与交流项目5项，优秀青年科学基金项目2项。成功获得国家社会科学基金项目3项，其中重大项目1项，重点项目1项。2016年获得国家“十三五”重点研发计划专项项目两项，涉及“大气污染成因与控制技术研究”、“典型脆弱生态修复与保护研究”等领域，有两位专家担任了项目首席科学家。这标志着复旦环境科学与工程系的专家学者在为国家生态环境保护的重大战略需求服务方面取得了新的可喜进展。
近几年来，环境科学与工程系还获得教育部科技进步二等奖1项，自然科学一等奖1项，高等学校科学研究优秀成果奖：科技进步二等奖（推广类）1项，上海市科技进步奖二等奖2项、三等奖3项，上海市优秀发明选拔赛金奖1项，上海市决策咨询奖1项。2012年获得国家自然科学二等奖1项。近五年来，环境系申请专利77项，获批专利74项（含2012年以前申请而在近五年内获批的）。
环境科学与工程系目前已与美国、日本、德国、英国、加拿大、挪威、丹麦、瑞典和芬兰等十多个国家开展了科学合作与学术交流，国际交往日趋频繁。