教育科学学院是内蒙古师范大学的二级学院，其前身是1956年建立的内蒙古师范学院函授教育科，2000年内蒙古教育科学学院并入内蒙古师范大学，组建教育科学学院。2004年，成立了内蒙古自治区中小学教师继续教育中心，挂靠在内蒙古师范大学，与教育科学学院合署办公。“中心”是集研究、管理、培训为一体的职能部门。在教育厅和师范大学双重领导下，对全区中小学教师、校长培训工作起着政策研究、业务指导、示范引领的作用。
教育科学学院现有教职工18名，下设办公室、函授夜大部、培训部、自学考试科、资料与信息中心5个职能科室，宏观管理和具体组织、协调、研究全校的成人学历教育与继续教育。同时，教育科学学院建立了一支由区内外知名专家学者、特级教师、教研员、一线骨干教师、中小学名校长组成的近500人的继续教育教师（校长）培训专家团队。
教育科学学院承担过的主要培训任务有：自治区级中小学骨干教师培训、全区中小学班主任自治区级培训、高中教师继续教育全员培训、教师教育技术能力培训者培训、高中起始年级教师新课程远程培训、中小学英语教师暑期培训、Intel未来教育培训、蒙古语授课学校专任教师培训、中小学教师远程培训、全区蒙古族高级中学校长培训、自治区农村牧区寄宿制学校校长国家级示范培训、蒙语授课中小学校长培训、内蒙古自治区中小学校长纲要学习远程培训、连续七年承担了内蒙古“教育部—中国移动中西部农村中小学校长培训项目”等任务。同时，内蒙古师范大学积极与地方教育行政部门合作实施培训项目，包括鄂尔多斯市中小学专家型教师培训项目、巴彦淖尔市中小学专家型教师培训项目、锡林郭勒盟中小学骨干教师培训项目、乌海市中小学专家型学科带头人培训项目、呼和浩特市新城区中小学骨干教师培训项目、巴彦淖尔市杭锦后旗骨干教师培训项目、巴彦淖尔市中小学教师技能提升工程培训项目、巴彦淖尔市农村中小学校长提高培训、巴彦淖尔市临河区中小学校长高级研修班等。
2009年始，内蒙古师范大学通过自治区教育厅的“国培计划”招投标活动，连续8年成功参与到教育部、财政部中小学、幼儿园教师“国家级培训计划”项目中来。2009年承担了“国培计划”——中西部地区中小学骨干教师培训项目内蒙古培训；2010—2015年承担了“国培计划”——内蒙古自治区农村牧区中小学骨干教师培训项目三个子项目的培训任务；2011—2016年承担了“幼儿教师国家级培训计划”—— 内蒙古自治区农村牧区幼儿教师培训项目四个子项目的培训任务。
2016年，承担“国培计划”乡村中小学校长培训。
内蒙古师范大学现有成人高等教育本、专科专业20个，开设高等教育自学考试主考本、专科专业8个。60多年来，内蒙古师范大学已培养成人高等教育毕业生8万余人，培养高等教育自学考试主考专业毕业生6.2万人，为自治区基础教育、自治区经济和社会发展做出了重要贡献，多次受到国家和自治区的表彰。