浙江中医药大学是全国首批具有硕士学位授予权的高校之一。1978年开始招收硕士学位研究生；1998年获得博士学位授予权；2000年获准开展临床医学（中医、中西医结合）硕士专业学位工作；2003年获得中药学一级学科博士授予权，获准设立中医学一级学科博士后科研流动站；2006年成为推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生工作单位；2007年获准设立中药学一级学科博士后科研流动站；2011年获得中医学一级学科博士授予权，临床医学、药学一级学科硕士授予权；2012年获准设立中西医结合一级学科博士后流动站；2018年获得中西医结合一级学科博士授予权。
目前学校博士学位点覆盖中医学、中西医结合、中药学3个一级学科；硕士学位点覆盖中医学、中西医结合、中药学、马克思主义理论、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学9个一级学科。专业学位包括中医博士与硕士、临床医学硕士、生物与医药硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士、护理硕士、药学硕士、中药学硕士、医学技术硕士、公共管理硕士10个专业学位点。目前已形成以中医药为主体，多学科协调发展，学位类型齐全，培养层次完备的高层次人才培养格局，以及学术学位与专业学位并重发展的学位与研究生教育体系。学校现有博士生导师253人，硕士生导师1620人。现有在校研究生5678人，其中博士研究生555人（学术型296人、专业型259人），硕士研究生5123人（学术型1481人、专业型3642人）。