首都医科大学建校之初，学校采取分批建设，逐步充实的方针，逐批建设了基础课各教研室和实验室。1963年2月，学校制定的《北京第二医学院领导体制暂行条例》中明确提出“为了加强基础各学科的领导，在学院下设基础部”。至1966年基础部建设完成。“文革”期间，基础部建制被撤消。“文革”结束后，根据教学需要，于1973年重新建立了医学基础部，1979年更名为基础部。1994年学校更名为首都医科大学后，为适应学科建设与发展的需求，形成资源共享、优势互补，将所有的学科进行了重新调整，并于1996年1月23日成立基础医学院，揭开了基础医学院建设的新篇章。基础医学院是校本部规模最大、学科最全的学院之一，是集教学、科研、学生管理为一体的综合性学院，担负着本科生和研究生基础课程培养的重任。基础医学院设有神经生物学学系、人体解剖学与组织胚胎学学系、细胞生物学学系、生物化学与分子生物学学系、生理学与病理生理学学系、病原生物学学系、免疫学学系、病理学学系、实验动物学学系、药理学学系和医学遗传与发育生物学学系等11个学（科）系，1个基础医学实验教学中心。基础医学院拥有生物学和基础医学2个一级学科博士点和博士后科研流动站，同时还设有药理学博/硕士培养点。首都医科大学基础医学院现有教职员工273人，其中教授43名、副教授64名。博士生导师51人(其中兼职8名)、硕士生导师114人(其中兼职9名)。基础医学院现有在读博士、硕士研究生319人，本科生1396人。基础医学院承担着基础医学课程以及医学相关生物课程的教学、教改、教材建设、课程建设、教学研究等任务。基础医学院不断深化教学改革，以“抓质量、育名师”为教育教学建设的主要目标，深入开展质量工程建设，努力实现“谋教学质量之排头，创一流大学之基础”的奋斗目标。学院开设的“神经生物学”、“生理学”2门课程被评为国家级精品课程；“医学细胞生物学”被评为国家级双语教学示范课程；“人体寄生虫学”、“医学免疫学”、“人体解剖学”、“细胞生物学”、“生物化学”、“医学机能学实验”6门课程获评为北京市级精品课程；生理学教学团队、神经生物学教学团队获评国家级优秀教学团队，免疫学教学团队获评为北京市级优秀教学团队；基础医学实验教学中心成为国家级实验教学示范中心；徐群渊教授获评为国家教学名师，安云庆、安威、诸欣平、刘慧荣教授获评为北京市教学名师。
基础医学院采取“整体推进、分段建设、重点提高、突出特色”的学科建设方针，针对不同学科加以分类指导和分层建设，努力打造一个一级学科强大、二级学科齐全的基础医学院。神经生物学学科被评为国家重点学科；人体解剖与组织胚胎学、生理学、细胞生物学、病原生物学、免疫学、药理学、病理学等北京市重点学科；基础医学院还拥有1个省部共建国家重点实验室培育基地，1个教育部重点实验室，4个北京市重点实验室，1个国家中医药管理局实验室。基础医学院倡导科研强院之风，坚持学术兴院之路，注重整合多学科资源，走基础-临床相结合的联合攻关之路，发挥学校的临床优势，不断提高申报重大项目（点）的能力，推动科学研究不断向更高层次迈进。“十二五“期间基础医学院共获得省部级及以上项目293项，总资助经费17595余万元。包括国家科技重大专项课题2项，国家科技支撑计划课题2项，“973”课题2项，“863”课题1项，973计划前期研究专项2项，科技部国际合作项目1项，国家自然科学基金154项（其中重点项目2项，重大研究计划2项，国际合作与交流项目1项）。发表SCI学术论文566篇，总影响因子1866，其中影响因子5.0以上的有96篇，最高影响因子14.103；获得省部级以上科技奖励5项，其中北京市科学技术奖一等奖1项，三等奖2项，吴阶平-保罗?杨森医学药学奖1项，中国免疫学会奖1项；授权专利34项，专利转化成果1项。基础医学院十分重视国内外的交流与合作，先后与美国、英国、法国、德国、日本、奥地利、瑞典、香港等国家和地区的大学和科研机构开展项目合作、人员交流、联合举办国际会议等；与美国西北大学、英国卡迪夫大学、纽约州立大学布法罗分校、奥地利欧亚太平洋学术网络、瑞典卡罗琳斯卡医学院、香港中文大学等建立了交流合作关系。 岁月如梭，征程漫漫，展望未来，任重道远。基础医学院全体师生正以饱满的热情和只争朝夕的精神为实现“高水平研究型医科大学”的基础医学院而努力奋斗。