安徽中医药大学学位与研究生教育起步于上世纪70年代，1978开始招收硕士研究生，1981年首批获硕士学位授权，1999年开始联合培养博士研究生，2008年获得开展硕士研究生推荐免试资格，2009年被批准为国家级新增博士学位授权立项建设单位，2013年获博士学位授权，2014年开始招收博士研究生。2016年更名为研究生院，下设综合科、招生办、培养科、学位科和学籍科共5个科室，负责全校的学位点建设和研究生教育工作。
安徽中医药大学研究生院工作职责和业务范围
研究生院在学校党委、行政的领导下，负责全校的学位与研究生教育管理工作，其主要职责有：
1.根据国家学位与研究生教育相关规划，结合学校实际情况，制定研究生教育发展规划以及研究生招生、培养、学位授予等工作细则和各项规章制度。
2.制定年度招生计划，以及各级各类研究生招生录取等各项工作。
3.组织制订研究生培养方案和教学计划，组织做好各学科、专业研究生课程建设和教学管理、学位论文工作；做好研究生学籍管理和培养环节的督导工作。
4. 组织安排学位申请人的学位课程考试、学位论文评阅及答辩、学位论文的抽查和评估；负责导师队伍建设和管理。
5. 负责研究生学籍管理，组织研究生开展社会实践和学术、科技、文化活动。