基础医学院（仲景学院）前身为中医系，成立于1958年建校之初。2002年7月更名为基础医学院，2017年11月更名为基础医学院（仲景学院）。
多年来，基础医学院坚持“以立德树人为根本，以支撑创新驱动发展战略、服务经济社会发展为导向，以人才培养为中心，以学科建设为引领，以教育教学为基础，以教学改革和科研创新为动力，以专业建设为抓手，以制度建设为保障，深化内涵建设，打造特色工程，推动转型发展，促进基础医学院整体工作再上新台阶”的工作思路，秉承“厚基础、宽口径、强实力、增才干，全面发展”的育人理念，建立、健全人才培养模式，形成了具有一定规模和影响，集教学与科研为一体的完整教育体系。
基础医学院作为以中西医基础教学为主的教学科研单位，承担着全校各专业、各层次中、西医基础课及预防医学专业课等110余门课程的理论、实验教学任务。现有教职工165名，其中教授16名、副教授（高级实验师）45名；博士73名、硕士78名；博士研究生导师11名，硕士研究生导师58名。享受国务院政府特殊津贴专家1人、河南省政府特殊津贴专家1人，国家有突出贡献中青年专家1人，百千万人才工程国家级人选1人，河南省特聘教授1人，省优秀专家1人，省级、厅级学术技术带头人18人，省高校青年骨干教师11人，省级教学名师1人，全国优秀教师1人，河南省先进工作者1人，全国中医类院校优秀辅导员2人。有教研室、教研中心16个，其中国家局级重点学科5个，省重点学科一级学科1个，省重点学科一级学科覆盖二级学科9个。省级精品课程6门、精品资源共享课6门、视频公开课3门、双语教学示范课程3门、精品在线开放课程8门。省级优秀教学团队3支、高等学校优秀基层教学组织3个。省级特色专业1个、专业综合改革试点1个。建有省级基础医学实验教学示范中心1个、省级虚拟仿真实验中心1个（省级虚拟仿真项目2项），省级科研实验室2个（河南省中医方证国际联合实验室和河南省重点实验室）。河南省科技创新团队1支、高校科技创新团队1支。设有中医学博士后科研工作站1个，博士学位授权二级学科5个—中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学；硕士学位授权二级学科10个—人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学、中西医结合基础。在读研究生121人。有中医学（仲景学术传承班）、预防医学、临床医学、食品卫生与营养学4个本科专业和中医学（5+3一体化）、中医学（5+3一体化，儿科学）2个长学制专业，在校本科生893人。
基础医学院遵循高等教育发展规律和中医药人才培养规律，围绕学校重点工作，科学谋划，传承创新，突出中医药特色、发挥区域优势、弘扬“仲景”文化，加大对特色专业、特色学科的培育力度，在教育教学、专业建设、学科建设、科学研究等方面成绩显著，中医学专业（仲景学术传承班）、预防医学专业人才培养模式已形成鲜明特色和优势，为社会培养了一大批优秀中医药学和预防医学人才。