新乡医学院自2003年开始招生四年制生物医学工程本科专业，是河南省最早且唯一在医学院校开设该专业本科院校，2004年8月同生物技术专业共同成立生命科学技术系，2013年12月成立生物医学工程学院，2019年9月更名为医学工程学院并沿用至今。
现有生物医学工程、医学影像技术、医学信息工程、智能医学工程四个本科专业和生物医学工程、智能医学工程两个第二学士学位专业；拥有生物医学工程一级学科硕士学位授权点、生物与医药硕士专业学位授权点；现有本科在校生529人、硕士研究生31人；设有医学工程学院现有生物医学工程系、医学影像技术系、医学信息工程系、智能医学工程系、基础课系、医学工程与技术实验教学中心和医疗大数据与软件开发中心等7个基层教学组织。
医学工程学院现有教职工75人，其中专任教师63人，教授5人、副教授13人，博士28人。教师分别来自浙江大学、复旦大学、华中科技大学、重庆大学等20余所著名学府。医学工程学院拥有河南省学术技术带头人1人，河南省教育厅学术技术带头人3人，河南省青年骨干教师2人，河南省教学标兵2人，新乡医学院太行学者1人、太行青年学者2人，新乡医学院教学名师1人。
依托新乡医学院的整体优势和医学工程学院高素质的师资队伍，医学工程学院的教学科研水平不断提升，教学科研硬件设施不断完善。医学工程学院现在拥有医学工程与技术省级实验教学示范中心、生物医学工程省级特色专业、生物医学工程省级一流专业、生物医学工程省级工程教育人才培养模式改革试点、医学工程虚拟仿真实验教学中心、生物医学工程专业综合改革试点、临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室、神经传感与控制工程新乡市工程技术研究中心、新乡市智能康复设备工程技术研究中心、新乡市神经生物传感重点实验室等科研和教学平台。
近年来，医学工程学院在科学研究、教学改革和教材建设方面取得了显著成绩，医学工程学院获得省部级教学成果奖励10余项，2门省级一流线上线下课程，医学工程学院教师参与编写10余本“十三五”规划教材，发表学术论文500余篇，授权发明专利和实用新型专利30余项。先后承担国家自然科学基金项目、省级重大教学科研项目等近40项。
医学工程学院坚持“重工科素质、求科技创新，显医学特色”，依据医学、工程学和生物学相互渗透、支撑的专业建设理念，注重培养适应生物医学工程产业自主创新需要和企业急需的复合型人才。医学工程学院共建有医学信号及图像处理、普通医疗仪器、医学传感器与信号测量、医学影像技术等25个教学和科研实验室，办学条件优越，教学、科研仪器设备4000余台件，价值约3500万元。
医学工程学院始终坚持立德树人，大力推进素质教育，切实提高人才培养质量。毕业生拥有医学和工程技术相结合的专业优势，多次获得省“挑战杯”大学生创业计划大奖。毕业生考研录取率稳定在50%以上、就业形势良好，广泛就职于省内及全国各地的医院和医疗仪器生产、研发企业从事医疗仪器设备的管理、使用、维护，产品研发、技术支持、售后服务以及营销等工作；同时能胜任电子信息、IT、仪器仪表行业的技术管理、技术服务等工作。
医学工程学院注重对外交流与合作，共谋发展。与德国耶拿大学、英国女王大学、马来西亚理科大学、中国科学院、浙江大学等国内外高校建立了交流与科研协作关系，与深圳迈瑞生物医疗电子股份有限公司、辽宁东软医疗系统股份有限公司、北京标软信息技术有限公司、上海联影医疗科技有限公司、苏州纽迈电子科技有限公司、河南华南医电科技有限公司等医疗器械企业建立了合作伙伴关系，为学生搭建了良好的国内外学习就业平台。