基础医学院始建于1972年，是新乡医学院建立较早的教学单位。从上世纪50年代开始，经历基础学科小组、基础学科委员会、基础医学部、基础医学院等4个发展阶段，2002年改“基础医学部”为“基础医学院”，是我校集基础医学教育、教学和科研于一体的重要教研基地。2012年基础医学院被批准为学校首批教研型院系建设示范单位。多次被评为省级先进单位，是中国高等医学教育学会基础医学教育分会理事单位。