锦州医科大学研究生教育工作始于1979年，先与中国医科大学联合培养硕士研究生，1984年成为全国第二批拥有硕士学位授予权的高等院校之一，1999年获得具有同等学力人员申请硕士学位授予权资格，2003年经教育部批准开始与中国医科大学联合培养博士研究生。三十多年来，在上级领导的大力支持和学校党委的正确领导下，在学校各部门的支持配合下，经过全体研究生指导教师和研究生管理工作人员的辛勤努力，锦医的研究生教育工作取得长足进步，教育规模逐步扩大，教育水平不断提高。
现有基础医学、临床医学、口腔医学、药学、公共卫生与预防医学、护理学、生物学和食品科学与工程一级学科硕士学位授权点8个；二级学科硕士学位授权点58个；临床医学、药学、护理、兽医和农学专业学位授予点5个；联办博士点4个。形成以医学为主体的围绕医学各领域理学、工学、法学、哲学、农学各学科全方位协调发展的学科体系。现有在校研究生2600余人，硕士研究生指导教师1600余名，博士研究生指导教师29人。
招生方面，锦州医科大学统招研究生招生规模逐年扩大，2020年在教育部大幅增加硕士研究生招生计划，向服务国家战略和社会民生急需的领域倾斜的政策背景下，最终拟录取1000人，较2019年增加169人，增长率达20%。其中学术学位332人，较2019年增加49人，增长率17%；专业学位668人，较2019年增加120人，增长率22%。同等学力研究生招生在在职人员提高学历的迫切去求下，招生规模稳定增长，生源质量逐年提高，2019级共招生588人。
在基地建设方面，有锦州医科大学附属第一医院、附属第二医院（口腔医学院）和附属第三医院三所直属附属医院；有中国人民解放军北部战区总医院、中国人民解放军联勤保障部队第九六零医院、临沂市人民医院等30余家校外临床医学硕士专业学位研究生培养基地；有中国人民解放军总医院第三医学中心、中国人民解放军总医院第四医学中心、中国人民解放军火箭军总医院、上海市奉贤区中心医院、上海市东方医院、生态环境部华南科学研究所等多家校外学术型研究生培养基地；有大连润生康泰医学实验室有限公司、大连三仪动物药品有限公司、辽宁益康生物股份有限公司等多家校外非临床医学硕士专业学位研究生培养基地。
锦州医科大学研究生培养本着教书育人的理念，注重研究生思想道德培养和个人能力培养，切实加强导师队伍建设及导师对研究生培养的引领作用。导师队伍中有“长江学者奖励计划”特聘教授2人，国家教学名师奖获得者1人，新世纪百千万人才工程国家级人选1人，辽宁省优秀专家3人，“辽宁省高等学校攀登学者支持计划”入选者4人，辽宁特聘教授14人辽宁省中青年学科带头2人、辽宁省“百千万人才工程”人选43人。现有辽宁省重点实验室13个，高校重大科技平台2个，专业技术创新中心2个，工程研究中心1个，临床医学研究中心2个。辽宁省重点学科8个。
锦州医科大学关心学生全面健康发展。抓好学生党支部建设，采取科学有效的学生管理模式，开展丰富多彩的学生课余活动，促进学生全面健康发展。随着研究生培养质量的逐步提高，毕业生总体素质也在提升，在全国各省地级医疗卫生单位和企事业单位就业后，受到了用人单位的好评。尽管每年的就业形势不同，毕业生就业压力逐年增加，但是我院毕业生仍然保持着良好的就业前景。
在未来，锦州医科大学学位与研究生教育将以习近平新时代中国特色社会主义为指导，全面贯彻党的教育方针，坚定走内涵式发展道路，以立德树人，服务需求，提高质量为主线，继承“勤俭攻坚”的锦医精神，根据社会发展和现代化建设对高层次人才培养的需要，规划研究生教育发展的宏伟蓝图，为辽西地区医疗及相关事业发展，为国家医药卫生及教育事业发展培养和造就更多优秀的全面发展、素质过硬且具有创新才能的医学专业人才。