石河子大学食品学院前身为石河子农学院食品科学系，始建于1985年，1996年10月教育部组建新的石河子大学，食品科学系归属石河子大学工学院。2001年应社会人才培养需求，进一步拓展专业，将食品科学系组建为食品学院。
经过近十多年的建设，食品学院在学科建设和人才培养方面已形成了具有鲜明区域特色和优势的学科体系，形成了本科、硕士研究生、博士研究生教育的多层次、多形式办学模式。食品学院目前有食品科学与工程、食品质量与安全、葡萄与葡萄酒工程三个本科专业。食品学院拥有博士学位授权点—农产品加工工程，学术型一级学科硕士学位授权点—食品科学与工程，以及两个专业学位硕士研究生学位点—食品工程、食品加工与安全。目前，在校本科生700多人，硕、博士研究生近100多人。
食品学院现有教职工51人，其中专职教师36人，教授12人，副教授18人，讲师6人。专任教师中，具有博士学位教师22人，目前在读博士学位教师3人。食品学院拥有教育部高等学校教学指导委员会分委员会指导专家1人，入选兵团英才计划4人，自治区教学名师2人，宝钢优秀教师奖4人，石河子大学“263”青年骨干教师13人。在教学方面，有自治区精品课程2门（《食品分析》、《食品工艺学》），兵团精品课程1门—《农产品加工与贮藏学》；自治区级教学团队果蔬贮藏加工教学团队。
食品学院实验室总面积达2500多平方米，中心各类实验仪器设备总价值2000余万元，总件数430余台，其中10万元以上设备36台套，拥有“新疆特色果蔬贮藏加工教育部工程技术研究中心”、以及新疆自治区“农产品加工与贮藏工程重点实验室”。
食品学院本着“立足兵团、服务新疆、面向全国”的办学方针，经过“十二五”期间，学科建设、科学研究均取得较快发展。目前食品学院设有四个学科研究方向：新疆优势畜产品加工技术、新疆特色果蔬加工、贮藏理论与新技术、食品生物技术与安全、粮油加工与食品配料。食品学院坚持以新疆特色农产品资源深加工和技术研发为重点，在科研方面取得了丰硕成果。食品学院教师先后承担国家、省部级科研项目40余项，包括国家重大科技专项子课题1项、国家自然科学基金项目35项(结题15项、在研20项)、教育部科学技术研究重点项目、兵团重点领域科技攻关等省部级项目10多项，科研经费1800多万元。获兵团科技进步二等奖2项，三等奖8项，获厅、局级科技进步二等奖9项。
食品学院重视学生综合素质的培养，近年来共有几十名学生的科技作品先后获得大学、兵团、自治区及团中央的奖励。其中有多名学生分别在全国 “挑战杯”中获奖，有多名学生的科技作品在自治区大学生科技作品大赛和兵团“创业杯”大赛中获奖。食品学院立足新疆优势，在张裕葡萄酒石河子有限公司、新疆雨润有限公司等多个企业建有本科生、研究生实习基地，为学生实践能力的培养奠定了基础。
石河子大学食品学院肩负着为兵团、新疆、乃至西部培养食品领域高层次技术人才的光荣使命。2010年中央新疆工作座谈会召开以来，食品学院积极利用对口支援政策，与江南大学在科学研究、人才培养等各方面保持密切合作，“十三五”期间将进一步加强与国内外科研院所的广泛合作，加大办学力度、促进食品学院人才培养质量、师资队伍建设、科研服务能力和管理水平的提升，为新疆及兵团在人才培养、科学研究、社会服务和文化传承等方面发挥更大的作用。