甘肃农业大学林学院始于1958年创建的林学系，林学院成立于1986年，是学校唯一经甘肃省人民政府批准成立的二级学院。现设林学、水土保持与荒漠化防治、园林三个系及园林与水土保持规划设计研究院。
林学院具有水土保持与荒漠化防治博士学位授权点。拥有林学一级学科硕士学位授予权，下设森林培育、林木遗传育种、水土保持与荒漠化防治、野生动植物保护与利用和林业专业硕士学位授权点。林学属于甘肃省重点学科，水土保持与荒漠化防治是国家级特色专业。
林学院有森林资源培育与保护实验教学中心，下设12个功能实验室、3个标本室、2个人工气候室、3个校内实训园和12个校外实践教学基地，其中树木标本室已加入中国植物标本馆网络，并被国际植物分类学会注册认可，国际代码为GAUF。
林学院现有教职工55人，其中教授9人，副教授18人。有博士28人，93%的教师具有硕士以上学位。有“国家突出贡献中青年专家”1人，国家“百千万人才工程”1人，教育部高等学校教学指导委员会委员1人，农业部教材建设专家委员会委员1人，甘肃省跨世纪学术带头人1人，“333”、“555”创新人才4人，甘肃省领军人才2人，甘肃省优秀教师“园丁奖”1人，甘肃省“林果产业”首席专家1人，甘肃省高等学校教学指导委员会委员1人，校内外博士生导师6人、硕士生导师42人。
林学院有《林木遗传育种学》、《园林树木学》2门甘肃省省级精品课程。近五年，林学院主持国家自然科学基金、国家星火科技等科研项目60余项，获得国家专利18项，省部、厅局级科技进步奖、教学成果奖15项；专著10部，主（参）编教材18部；在国家和省级权威刊物上发表学术论文400余篇。
林学院面向全国招收林学、水土保持与荒漠化防治、园林和风景园林4个全日制本科专业学生，开设“林学”、“园林”两个本科高等教育自学考试应用型专业。现有各类在读学生2041人，其中博士研究生18人，硕士研究生245人，全日制本科生1080人。林学院设有“钱学森沙产业奖学金”、“林业奖学金”等专项资助。近三年，学生申请SRTP项目130余项，有8人获国家奖学金（8000元/人），156人获国家励志奖学金（5000元/人），1300多名家庭经济困难学生受到资助。建有“馨园协会”等特色学生社团。近三年，本科专业就业率平均94%。