北京体育大学研究生教育始于1953年，它是国内最早培养体育专业研究生的最高学府，是全国体育系统中第一所博士学位和第一批硕士学位的授予院校，也是最早被国务院学位办公室批准为可向海外招收博士、硕士研究生的学校。为了适应研究生教育发展形式的需要，国家体育总局2002年12月正式批准北京体育大学成立研究生院。这标志着北京体育大学的研究生教育又步入了一个新台阶。
北京体育大学自1953年开始招收研究生，到1965年连续招收了13届研究生，后因文革中断招生，1978年恢复招生，从1987年起开始招收和培养博士研究生。多年来，在教育部、国务院学位办公室、北京市教委和国家体育总局的关怀与领导下，我校的研究生教育不断深化改革，调整专业结构，逐步扩大规模，提高教学质量。到目前已经培养了博士、硕士研究生10000多名。在培养国内高级体育人才的同时，北京体育大学研究生院还逐步加大招收外国留学生和港、澳、台地区学生的力度。迄今为止，已经招收外国留学生博士研究生148人、硕士研究生176人，港、澳、台地区博士研究生122人、硕士研究生143人。
目前，北京体育大学共有5个研究生学科门类，分别是教育学、法学、医学、管理学、艺术学；拥有体育学一级学科博士学位授予权，拥有体育学、教育学、心理学、马克思主义理论、临床医学、行政管理一级学科硕士学位授予权，同时还拥有体育硕士、新闻与传播硕士、艺术硕士（舞蹈领域）专业学位硕士授予权。北京体育大学又被批准设立了体育学博士后科研流动站。
北京体育大学研究生招生类别包括：攻读硕士学位研究生（含单独考试、应届本科推免、硕士少数民族骨干计划、硕士研究生冠军班）、博士学位的研究生（含博士少数民族骨干计划）、国内高级访问学者（含一般访问学者、青年骨干教师访问学者）、面向港澳台地区的博士硕士学位研究生招生、面向外国留学生的博士硕士学位研究生招生。
北京体育大学师资力量雄厚，学科门类齐全，学术水平高。现有硕士生导师255多名，博士生导师89名。原国际奥委会第一副主席、中国奥委会主席何振梁先生曾是我校的博士生导师。北京体育大学的研究生教育是体育精英向往的地方，吸引着国内外优秀的体育人才。招收的研究生中，共有奥运会冠军80人，世界冠军169人，冠军教练员81人。目前，北京体育大学研究生院的在校生已经达到3300多名。
北京体育大学研究生院在办学过程中，注重理论联系实际，充分发挥学科齐全、科研力量雄厚等优势，结合教育、训练、科研三结合基地建设工作，与时俱进，开拓创新。2003年4月，北京体育大学研究生院与国家皮划艇队合作，在浙江千岛湖国家水上训练基地建立起第一个北京体育大学研究生工作流动站。雅典奥运会男子双人划艇500米决赛中，中国选手孟关良、杨文军夺得金牌。这是中国水上项目在奥运会上所获得的第一枚金牌。这枚金牌的取得与研究生工作站的全体人员的努力奋斗密不可分。此后北京体育大学研究生院又与安徽体育局、吉林体育局、北京康比特公司等多家单位共同建立研究生工作站。
北京体育大学研究生院在做好在校生培养的同时，加强同国外的联合办学。目前已经同国外大学实行了联合办学，每年选派一定数量的学生申请国家公派研究生项目，截止2018年，共录取102名博士、77名硕士为国家建设高水平大学联合培养研究生项目与国外院校进行联合培养；学校自行联系派出并资助学生进行留学，2018年累计派出研究生168人进行联合培养或攻读学位。同时与我国港澳台地区的香港大学、澳门理工大学签署了联合办学的协议。为了加强国际合作与交流，北京体育大学研究生院也与美国、韩国、日本和俄罗斯等国的一些大学进一步建立合作关系。
目前，北京体育大学正面向21世纪的社会发展需求，积极进行教学改革、大胆创新，以建设国际一流体育大学为目标，以人才培养为中心，全面提高学校的办学质量与办学效益，努力向国内领先、国际先进的体育高等学府的目标迈进。