管理科学与工程学院是在原信息工程学院、电子商务学院和数学与数量经济学院管理科学专业的基础上于2009年合并组建而成。其中，原信息工程学院的前身是创建于1984年10月的经济信息系，2006年11月更名为信息工程学院，是东北地区乃至全国财经类高等院校中成立最早、资格较老的同类院系之一；原电子商务学院成立于2001年4月，是经国家教育部正式批准的电子商务本科教育试点单位之一，也是我国最早成立的电子商务专业教育的学院之一。
东北财经大学管理科学与工程学科于1985年在全国率先招收经济信息专业本科生，2000年获硕士学位授予权，2005年获一级学科博士学位授予权。经过多年的建设和发展，管理科学与工程学院目前设有管理科学与工程一级学科博士学位授予权，管理科学与工程、计算机应用技术、电子商务、工程管理专业硕士四个硕士学位授权点；信息管理与信息系统、电子商务、管理科学、计算机科学与技术四个本科专业。2008年3月管理科学与工程学科被辽宁省教育厅确定为省级重点学科，2009年7月被辽宁省教育厅“提升高等学校核心竞争力特色学科建设工程”确定为“高水平重点学科”,2013年10月被辽宁省教育厅增列为“提升高等学校核心竞争力特色学科建设工程”特色项目学科，2014年被确定为辽宁省高等学校一流特色学科第二层次。该学科在2012年全国学科评估中，在辽宁省属学校排名第一，财经类院校处于前列。
管理科学与工程学院拥有一支年龄、学历、职称和学缘结构合理的高水平教师队伍，其中博士生导师6人，教授16人，副教授24人；具有博士学位的教师占教师总数的72%。他们中，有教育部长江学者奖励计划特聘教授、国家杰出青年科学基金获得者、国务院学位委员会学科评议组成员、国家自然科学基金和国家社会科学规划基金学科评审专家组成员、享受国务院政府津贴的知名教授、教育部教学指导委员会委员、学科带头人和骨干教师等。
近年来，管理科学与工程学院承担国家自然科学基金、国家社科基金30余项，其中国家自然基金重点国际合作项目1项、青年基金18项。获批教育部人文社科基金及辽宁省人才计划等省部级课题20余项。在SCI/SSCI收录的国际期刊发表论文60余篇，并被大量引用。1位教师入选2014年、2015年中国高被引学者榜单。1位教师获得教育部人文社科三等奖。
管理科学与工程学院拥有数据挖掘与商务智能实验室、 IT网络实训实验室、IT创新与金融服务实验室、电子商务实验室、管理科学实验室、运作管理与优化决策实验室，用于学生实践、研究生培养和科学研究。
在人才培养方面，管理科学与工程学院始终坚持以学生为本、发挥优势，突出特色的办学理念，以强化能力、提升素质、注重创新、发挥个性为培养目标，视人才培养为全院的中心工作，实施教育质量工程，学生一次就业率超过95%。
管理科学与工程学院的发展目标和定位：成为东北财经大学在实施人才强校、国际化、特色和品牌战略征程中，在高水平团队建设和研究成果国际化方面起引领作用、国内一流、国际上有较大影响的培养卓越管理人才的重要基地。