延边大学医学院前身是1948年10月1日成立的延边医科专门学校。1949年4月成立延边大学时，合并成为延边大学医学部。1958年8月从延边大学分立为独立的延边医学院。1996年，延边地区五所高校正式合并，延边医学院成为延边大学医学院；2005年4月，成立延边大学医学部，下设基础医学院、临床医学院、中医学院、药学院和护理学院。2012年3月，学校根据医学教育国际化的发展，基础医学院在原有规模基础上，成立了新的延边大学医学院。于2018年根据学校总体部署与医学教育改革发展需求，撤销延边大学医学部，原医学院、临床学院、中医学院合并，成立了新的延边大学医学院。
医学院现有教职工207人，其中教授60人，副教授58人，讲师35人，助教1人；实验技术人员16人，行政管理工作人员25人；专任教师中具有博士学位的116人，博士生导师17人，硕士生导师55人。医学院有国务院特殊津贴”享受者2人、“吉林省省管高级专家”1人、“延边朝鲜族自治州首届金达莱学者”1人、“全国劳动模范”1人、“全国五一劳动奖章”1人、“全国优秀科技工作者”1人、“教育部新世纪优秀人才”1人、“宝钢教师奖”2人、“吉林省百名高层次创新创业引进人才”1人、“吉林省新世纪科学技术优秀人才”1人、“吉林省教学名师”2人、“省优秀模范教师”1人、“吉林省卫生厅有突出贡献中青年专业技术人才”4人、“吉林省拔尖创新人才”第一层次2人、第二层次1人、第三层次3人、“长白山”学者1人、延边大学优秀教师。
医学院设有学院办公室、教务办公室、学科建设与研究生管理办公室、学生管理办公室，下设基础医学系、临床医学系、中医学系，41个教研室、实验教学中心、实训实验室，有细胞功能研究中心、肿瘤研究中心、再生医学研究所、皮肤病与性病研究所、临床医学研究所。
医学院有临床医学、麻醉学、口腔医学、预防医学、中医学五个本科专业，其中临床医学专业是国家级特色专业。医学院每年新招400余名本科生，目前在校本科生为1600余名。有3个吉林省优秀教学团队，1个吉林省实验教学示范中心。有5个吉林省精品课程、9个吉林省优秀课程、6个延边大学精品课程、8个延边大学优秀课程。拥有18个（临床医学二级学科）国家教育部重点学科（吉林省重中之重学科），1个国家中医药管理局重点学科，1个吉林省中医药管理局重点学科，1个国家卫生计生委认证的实验室，1个吉林省博士后创新实践基地，2个吉林省卫生计生委重点专科，拥有6个临床医学研究室、1个医学中心实验室及临床技能培训中心。基础医学、临床医学2个博士后科研流动站及工作站。
有2个一级学科博士学位授予点（基础医学、临床医学）和7个二级学科博士学位授予点（生理学、病理学、免疫学、人体解剖与组织胚胎学、内科学、儿科学、皮肤病与性病学），2个一级学科和27个二级学科硕士学位授予点。基础医学一级学科为吉林省优势特色学科：生物学为学校“十二五”优势特色重点学科。免疫生物学实验室为吉林省教育厅重点实验室，中药病理学为吉林省中医药管理局二级实验室、研究室，中韩食品科学与技术国际科技合作基地、长白山特色药材联合研发中心。神经生物学、神经免疫与临床免疫学实验室、皮肤性病实验室、儿科病实验室、消化系病实验室为吉林省卫生与健康管理委员会重点实验室。每年新招近250名硕士研究生和近30名博士研究生，目前在校博士研究生为93人、硕士研究生为643人。
医学院积极开展国际间的交流与合作，与日本城西大学等23所国外大学、研究机构及医院建立了友好协作关系，有计划的派选教师到国外大学、研究机构及医院交流学习或攻读学位。
2005年成立延平司法鉴定所，独立法人、独立核算、自负盈亏单位。鉴定类别为法医病理、法医临床、法医物证，主要鉴定业务为：损伤鉴定（损伤程度鉴定、伤残等级鉴定、误工-护理-营养期鉴定、医疗损害鉴定、保外就医鉴定等）、死因鉴定、亲子鉴定等。年业务量为（2017年度）：总1082例，其中法医临床案968例（89%），法医病理案39例（4%），法医物证案75例（7%）。
2007年成立了延边大学医学院遗体捐献接受中心，为全州遗体捐献工作服务，负责全州捐献志愿者遗体的接收、运输和殡葬等工作。2013年1月1日至2017年12月31日，已办理登记遗体捐献者近120人，已成功接受49例遗体捐献。此外，这期间收集无名尸体173具，主要用于医学教育的正常教学和科研方面。