吉林大学生物与农业工程学院的前身，是始建于1955年的长春汽车拖拉机学院的农业机械专业和拖拉机专业。生物与农业工程学院自1957年开始招收本科生，60年代开始培养硕士研究生，1981年建立农业机械设计制造博士点，1989年建立农业工程博士后流动站，历经长春汽车拖拉机学院农业机械系、吉林工业大学农机工程学院，于2001年5月，农业工程及其相关学科组建了吉林大学生物与农业工程学院。60年来，特别是经过“211工程”和“985工程”建设，生物与农业工程学院在学科建设、师资队伍建设、人才培养、科学研究、平台与基地建设、国内外合作与交流以及社会服务等方面取得了可喜的成绩。
生物与农业工程学院先后设置了农业机械化工程、农业生物环境与能源工程、农业电气化与自动化、仿生科学与工程以及食品科学与工程、农林经济管理、发酵工程等研究生学科，设置了农业机械化及其自动化、食品科学与工程、食品质量与安全、生物工程、包装工程、农林经济管理等本科专业。农业机械化工程从1988年至今一直是国家重点学科，并且是教育部“长江学者奖励计划”设岗并上岗学科。农业工程一级学科在教育部历次学科评估中名列前茅。在2014年吉林大学一流学科建设立项过程中，农业工程被列为高峰学科、仿生科学与工程被列为特色交叉学科。2017年国家“双一流”建设启动，农业工程和仿生科学与工程学科进入经教育部批准、吉林大学自主建设的国家一流学科“机械与仿生工程学科群”。农业机械化及其自动化本科专业是教育部卓越工程师培养首批试点专业、农林经济管理本科专业是教育部卓越农林人才教育培养计划改革试点专业。“仿生科学与工程”被列为新兴交叉学科，在国家“新工科”教改项目中成为试点建设的本科专业。
生物与农业工程学院形成了以任露泉院士为学科带头人、博士生导师和中青年博士为骨干的师资队伍。生物与农业工程学院现有教职工138人，有教师85人，其中教授37人、副教授34人，有博士生导师30人。其中任露泉教授为中国科学院院士、国家有突出贡献中青年专家；任露泉教授、佟金教授分别为第六届国务院学位委员会机械工程、农业工程学科评议组成员，杨印生教授为第七届国务院学位委员会农业工程学科评议组成员；佟金教授、韩志武教授为教育部“长江学者奖励计划”特聘教授、国家杰出青年科学基金获得者、国家百千万人才工程第一、二层次入选者；佟金教授是教育部高等学校农业工程类专业教学指导委员会副主任委员，杨印生教授是教育部高等学校农业经济管理类专业教学指导委员会委员。2016年8月，罗锡文、陈学庚作为吉林大学双聘院士加盟生物与农业工程学院。另外，还有“长江学者奖励计划”讲座教授1人，科技部中青年科技创新领军人才1人，国家优秀青年科学基金获得者1人，“长白山学者”特聘教授3人，唐敖庆特聘（讲座）教授12人。
生物与农业工程学院建有工程仿生教育部重点实验室、吉林省普通高等学校智能化农业装备与技术重点实验室等基础研究创新基地4个，建有工程仿生国家地方联合工程实验室、吉林省智能农产品生产装备与技术工程实验室等应用研究创新基地10个，建有“工程仿生技术与高端装备创新引智基地”（111计划）、吉林大学-诺丁汉大学中英联合仿生实验室等国际合作研究创新基地6个，建有粮食储运国家工程实验室成员单位、全国农业装备产业技术创新战略联盟成员等协同创新平台5个。另外还是教育部、财政部农林学科试点实践基地建设单位，在中国农业机械化科学研究院建有国家级工程实践教育中心。发起创建了“国际仿生工程学会”，秘书处常设在吉林大学；创办了国际性学术刊物《JournalofBionicEngineering》（SCI、EI收录，2017年度影响因子为2.325）；与英国曼彻斯特大学、英国诺丁汉大学、美国堪萨斯州立大学、日本筑波大学等国外10余所知名高校建立了长期的国际合作与交流关系；与中国农业机械化科学研究院、农业部规划设计研究院、国家粮食局科学研究院、中国一拖集团有限公司等国家大型企业或科研机构建立了密切的国内合作关系。
生物与农业工程学院围绕机械仿生理论与技术、农业工程仿生与地面机器系统、农业机械智能设计与机具创新、设施农业环境控制、农产品转化增值与农业信息化工程、农业工程系统分析与管理工程等特色研究方向，取得了一批有影响的标志性成果。先后获得国家级科技成果奖励5项，如“BZ型综合号播种机”1983年获国家发明三等奖，“高速精密排种器及应用” 1993年获国家发明三等奖，“高速精密播种及播前土壤处理的成套技术与装备”2003年获国家科学技术进步二等奖，“地面机械脱附减阻仿生技术”2006年获国家技术发明二等奖，“仿生耦合多功能表面构建原理与关键技术”2013年获国家技术发明二等奖。
生物与农业工程学院一直把人才培养质量视为本科生和研究生教育的生命线，先后获得国家级教学成果二等奖2项和全国百篇优秀博士学位论文提名2篇。我院培养的人才分布在政府机关、企事业单位等各个部门，有的已经成为政府机关的主要领导人，有的已经成为著名的企业家，还有相当数量的毕业生已经成为国内知名的学科带头人、国外著名或知名大学的教授、国外著名企业的高级研究或管理人员。