吉林大学白求恩医学部的前身是创建于1939年的晋察冀军区卫生学校和第十八集团军卫生学校。1948年与北方大学医学院合编为中国人民解放军华北医科大学，1949年与天津陆军总医院合组为天津军医大学，1951年改称为中国人民解放军第一军医大学，1954年第一、第三军医大学合并为中国人民解放军第一军医大学，1958年第一军医大学移交地方领导，定名为长春医学院，1959年更名为吉林医科大学，1978年恢复校名为白求恩医科大学，2000年与原吉林大学、吉林工业大学，长春科技大学、长春邮电学院合并成为新的吉林大学。
合校以来，吉林大学不断探索和完善综合性大学举办医学教育的管理体制和运行机制。2003年成立了白求恩医学部，2007年成立了白求恩医学院，增加了其对三个附属医院教学、学生管理等工作的统筹和协调职能。2012年，学校根据教育部《关于进一步推进教育部直属高校医学教育管理体制改革的意见》（教直〔2012〕1号）的文件精神，进一步推进医学教育管理体制改革，赋予了白求恩医学部实质性的管理职能，由具有医学背景的副校长兼任白求恩医学部学部长，分管医学教育工作。学校党委在医学部设立了党工委和纪工委，党工委书记由学校党委副书记兼任。学校对医学教育履行统筹规划、宏观管理、资源投入和领导干部管理职责，学部机关设立综合办公室、医院管理办公室、人才培养办公室、学术工作办公室和学生工作办公室五个管理部门，在学校统一领导下对医学教育工作进行统筹、协调和管理。
白求恩医学部下设基础医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、临床医学院5个学院和第一医院（临床医学院第一学院）、第二医院（临床医学院第二学院）、中日联谊医院（临床医学院第三学院）、口腔医院（口腔医学院）4所附属医院，以及1个再生医学科学研究所。
全日制普通本科专业有临床医学专业（五年制、七年制、医学实验班、5+3）、口腔医学专业（五年制、七年制、5+3）、预防医学专业（含医事法学）、放射医学专业、信息管理与信息系统专业（医药）、药学专业、临床药学专业、生物工程专业、护理专业、康复治疗学专业。共有在读学生8953人，其中本科生（含七年制、医学实验班、5+3）4656人、研究生4297人。
白求恩医学部现有在编职工8276人，其中教师2175人，教授787人，副教授742人；专业技术人员5619人(含附属医院医疗教师1726人)；聘用制人员7934人。博士生导师305人，硕士生导师1393人。中国工程院双聘院士9人，国务院学位委员会学科评议组成员2人，6人，“万人计划”入选者1人，国家“973”计划（含重大科学研究计划）项目首席科学家2人，教育部“长江学者奖励计划”入选者2人，“长江学者和创新团队发展计划”创新团队3个,国家优秀青年基金获得者1人，吉林省“长白山学者”入选13人。
白求恩医学部现有国家教学名师1人，国家优秀教学团队1个，省级教学名师5人；获国家级精品课4门，省级精品课16门；国家级教学成果奖4项，省部级教学成果奖78项；吉林大学唐敖庆特聘教授6人。拥有科研流动站16个，博士后流动站6个，一级学科博士授权点7个，二级学科博士授权点58个，硕士授权点61个，国家级重点学科2个，吉林省重中之重学科1个，吉林省优势特色重点学科6个。
拥有国家地方联合工程实验室、教育部重点实验室、卫生部重点实验室、科技部国际科技合作基地、国家中医药管理局三级实验室和省级重点实验室、工程中心共77个。临床医学、药理学与毒理学、免疫学三个学科（领域）的ESI排名进入全球前1%。2008年以来，先后承担国家重大科学研究计划项目、国家重点研发计划项目、973项目、863项目和国家自然科学基金项目等国家级科研项目500余项，有3个科研团队入选教育部长江学者和创新团队发展计划，有1人获得国家优秀青年科学基金项目，有11人被评为教育部新世纪优秀人才。荣获国家科技进步奖二等奖、高等学校科技奖、中华医学科技奖和吉林省科技进步奖（二等奖以上）142项。以第一署名单位在《Nature》《Lancet Neurology》《Hepatology》等学术期刊发表了一批高水平学术论文。
现有集医疗、教学、科研、预防、保健和康复于一体的附属医院4所，其中综合医院3所、口腔专科医院1所，均为三级甲等医院，综合医院还设有分部5个。附属医院总占地面积618342平方米，总建筑面积1053316平方米；床位数11517张；固定资产总价值62.92亿元。设有194个临床科室、47个医技科室。2017年附属医院门诊总量7108006人次，总出院病人数491107人次；手术量168470例，附属医院业务总收入135.21亿元。共有国家级临床重点专科建设项目27个，吉林省医疗质量控制中心17个。
白求恩医学部始终重视对外交流与合作，已先后同日本、加拿大、美国、英国、瑞典、香港等近30个国家和地区的院校和学术团体建立了长期的学术交流关系。在肿瘤学、妇幼卫生与计划生育、放射医学、地方病学等方面，白求恩医学部与世界卫生组织、儿童基金会、国际原子能机构等国际组织有着良好的合作关系。近年来，留学生教育工作也得到快速发展，学部以国际医学教育标准和生源国卫生执业要求为导向，积极采取多项措施，不断提升医学留学生教学质量。现有来自50个国家的本、硕、博各层次学历留学生588名，是吉林大学留学生规模最大的专业教育学部，初步建成了全方位、多层次的外国医学留学生培养格局。
白求恩医学部将依托综合性大学优势，着力加强人才培养、科学研究、学科建设和师资队伍建设，提高医疗服务质量和水平，继承和发扬白求恩优良传统，创造吉林大学医学事业新的辉煌。
白求恩医学部主要职能
1.受学校委托，白求恩医学部负责拟定吉林大学医学事业发展规划，组织、指导各学院、附属医院制定院级事业发展规划。
2.白求恩医学部在学校的统一领导下，对医学教学、科研、学科建设、队伍建设、学生管理、医院管理、对外交流与合作等工作进行统筹、协调和管理。
3.白求恩医学部设立学术委员会、学位委员会、教学委员会，根据有关章程的规定，在学校各委员会的授权范围内，分别承担相关工作领域的学术管理职责。
4.白求恩医学部设立综合办公室、医院管理办公室、人才培养办公室、学术工作办公室和学生工作办公室等机构，作为医学教育归口管理部门，履行各项管理职能，接受学校有关职能部门的业务指导。
5.白求恩医学部医院管理办公室（医院管理处）作为学校医院管理委员会的办事机构，负责组织、协调、落实医院管理委员会对附属医院的宏观业务管理工作和医院管理委员会的日常事务。
6.白求恩医学部接受学校人力资源与社会保障处的业务指导，在人事管理工作上行使学校授予的管理权限。
7.白求恩医学部接受学校财务处的监督和业务指导，组织开展各项财务管理和会计核算工作，负责管理医学教育发展基金。
8.白求恩医学部在学校的授权下，可代表学校与国家、省、市等有关行业主管部门开展业务联系，发挥沟通协调作用，争取行业和地方政府的更大支持。
9.白求恩医学部承担学校领导交办的其他工作。