药学院自2001年成立发展至今，共组建了药理、临床药理、生物制药、药剂、生药、医用物理学、有机化学、无机化学、药物化学与天然药物化学、药物分析与分析化学10个教研室、1个药学实验中心及7个研究机构。
学科建设
学科的定位与目标：本学科目前处于国内领先水平，目标为建设成国际一流的药学学科。
学科优势：（1）团队：现有中国工程院院士1人、973首席科学家1人、中华医学会副会长1人、长江学者（青年）1人、光华工程科技奖“青年奖”1人、全国百篇优秀博士论文获得者1人、教育部新世纪人才3人、施维雅奖7人、龙江学者及省杰青9人等学科骨干。（2）平台：中俄106所医药大学联盟主席单位，现有国家重点学科1个、国家科技创新群体1个、全国专业技术人才先进集体1个，及教育部重点实验室、部省共建国家重点实验室培育基地、国家发改委寒地心脑血管疾病药物研发国家地方联合工程实验室等研究平台。获国家自然科学二等奖1项、教育部一等奖（教育部科技进步奖及中国高校科学技术奖）3项、中华医学会一等奖1项、黑龙江省科学技术一等奖4项等105项奖励。
学科方向设置：本学科已形成几个稳定研究方向：1.重大心血管系统疾病发病和防治基础研究；2.离子通道药理学研究；3.血管功能调节与高血压发生机制与防治；4.药物代谢与药效学研究；5.天然药物/生物药物研发；6.新型靶向制剂的研发。
学科体系
药学院围绕药物的研究、开发和应用，构建了以四大学科群为基本框架、四个中心和四个平台为支撑点的创新药物研究和高端药学人才培养的药学学科体系，开展创新药物发现、生物效应与成药性研究、药物制剂与递送、药物临床应用与安全性评价等教学和科研工作，使药学基础研究与新药开发应用有机融合，形成了创新药物研究与应用并重的学科发展格局。
人才培养
哈尔滨医科大学药学院以本科教育为基础，通过大力发展研究生教育，不断提高办学层次和办学水平。拥有从本科生到研究生的完整的药学、临床药学专业人才培养体系。目前在读本科生1018人，研究生437人。为国家培养和输送了大批优秀毕业生，所培养的人才获得用人单位广泛好评。
本科教育
药学院目前共有两个专业，药学专业为黑龙江省重点专业，国家特色专业，2002年开始招生；临床药学专业为国内首家开设该专业的医学院校，2008年开始招生。目前每年共招收本科生200人左右。药学院定位于培养复合型药学人才，注重对学生科技创新能力和人文素养的综合培养。药学院拥有国家教学名师，国家模范教师等高素质的师资队伍。拥有国家级实验教学示范中心、国家级校外实践教育基地满足教学需求。
研究生教育
以培养高素质从事药学研究的科研后备力量和学术精英为目标。药学院为药学一级学科博士学位授予权单位,博士生导师11人、硕士生导师37人。近年来，获得全国百篇优秀博士学位论文1篇，人才培养质量位居国内药学院校领先行列。
博士后流动站
拥有药学博士后科研流动站，每年招收博士后10人左右。
科学研究
药学院以药学基础及应用基础研究为主，兼顾新药开发，成果转化，促进产学研合作，取得了一批具有国际先进水平的科研成果。
建院至今共获得各类课题近500项，其中国家自然基金132项，“973”首席项目1项，国家科技重大新药创制项目1项“973”子课题1项，“973”前期研究专项3项，“863”子课题2项，共获得科研经费近1.7亿元。共获得各类成果奖励94项，其中国家自然科学二等奖1项，教育部一等奖3项，省政府一等奖4项，光华工程科技奖1项,教育部二等奖2项，省政府二等奖17项，美国《高血压》杂志Top论文奖1项等。共发表SCI收录文章近600篇,，其中影响因子大于10的5篇（最高28.9），5-10的70余篇。在心律失常、离子通道及microRNA研究领域处于国际领先地位。首次发现microRNA、IKM3/M3受体等是心律失常及心源性猝死的重要调控分子，提出“离子通道最佳靶点学说”，编入本科生、研究生国家规划教材及首部《离子通道药理学》专著中；阐明了As2O3临床应用诱发长QT间期综合征的机制，提出防治策略，解决临床As2O3致死问题。申报专利90余项，授权30余项。自主研发了大明胶囊、粘连平等多种新药，取得了重大经济和社会效益；同时，为国内著名医药企业解决生产、研究中的瓶颈问题，间接经济效益达百亿元。
师资队伍
药学院现有专职教师85人，其中教授41人、副教授23人，博士导师11人、硕士导师37人、博士62人；教师队伍中有多位具有国际影响力的学者，包括美国、澳大利亚、日本和俄罗斯著名大学的客座教授、荣誉博士；国家一级学会副理事长、国家二级学会主任委员各1人；中国工程院院士、973首席科学家、百千万人才工程入选者、长江学者、青年长江学者、国家教学名师、全国百篇优博、十佳全国优秀科技工作者各1人、全国优秀科技工作者各1人；教育部新世纪优秀人才、省杰青各3人，龙江学者4人。