哈尔滨医科大学是国务院学位委员会首批批准的具有博士、硕士、学士三级学位授予权的单位之一。自1978年我国恢复研究生招生制度和1981年实施学位制度以来，我校学位与研究生教育取得了令人瞩目的发展。哈尔滨医科大学确立了“以学科建设为根本，以本科教育为基础，积极发展研究生教育和长学制医学教育，适应国家及区域医药卫生事业发展和经济建设的需要，成为培养创新型医学人才、产出高水平科研成果和提供高质量医疗服务的重要基地，努力把哈尔滨医科大学建设成为国内一流、国际有影响的研究教学型医科大学”的办学指导思想，在工作中解放思想、实事求是、抓住机遇、深化改革，使教学、医疗、科研整体水平和综合实力呈现出奋发向上的态势。
哈尔滨医科大学现有博士学位授权一级学科点9个（基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学、药学、护理学、生物医学工程、公共管理、口腔医学），博士学位授权二级学科63个，硕士学位授权一级学科点11个，硕士学位授权二级学科点66个，涵盖法学、理学、工学、医学、管理学和教育学六个学科门类。专业学位方面，我校拥有临床医学、口腔医学博士专业学位授权点和临床医学硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士、护理硕士、应用心理硕士和工程硕士6个专业学位硕士授权点。目前总导师数1961人。
从1978年至今共招收全日制研究生26107人（其中博士生3978人、硕士生22129人），授予博士学位2810人（获全国优秀博士论文1篇）、硕士学位16034人。2018年全日制研究生招生规模达2203人（其中博士生333人、硕士生1870人），目前在校全日制研究生6028人（其中博士生815人、硕士生5213人）。
四十年来，在上级领导的大力支持和学校党委的正确领导下，在哈尔滨医科大学各部门的支持配合下，经过全体研究生指导教师和从事研究生管理工作人员的辛勤努力，我校学位与研究生教育工作取得了巨大的成绩，研究生招生规模不断扩大，学位授权点数量不断增加，研究生培养质量不断提高，学位与研究生教育管理日益规范化、科学化，我校已经成为高层次医学专门人才的培养基地之一。研究院2000年被黑龙江省教育委员会评为“黑龙江省学位与研究生教育管理工作先进集体”，2002年被黑龙江省教育厅评为“黑龙江省高等教育招生工作先进集体”，2004年获教育部“全国高等教育电子注册管理工作先进集体”，2012荣获教育部“全国高等教育学籍学历管理工作先进集体”荣誉称号。
哈尔滨医科大学研究生院拥有一支年青、团结、精干的管理队伍，以提高研究生培养质量为中心目标，深化培养机制改革，积极探索适应创新型、复合型、应用型人才培养要求的管理方法，进一步完善管理制度，提升管理水平，志愿为学位与研究生教育的发展奉献力量！