哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院前身为创建于1981年的医用数学教研室，2004年建立生物信息学系，2008年建院至今。生物信息科学与技术学院现有教师73人，其中教授9人，副教授30人，我国著名生物信息学家、龙江学者李霞教授任院长。
目前生物信息科学与技术学院具有生物医学工程和生物学两个一级学科博士点，是黑龙江省一级学科重点学科、省领军人才梯队、省研究生导师创新团队单位。生物信息科学与技术学院生物信息学科依托生物医药省部共建国家重点实验室，是黑龙江省重点学科、黑龙江省211项目重点建设学科、哈尔滨医科大学国家重点学科培育学科，在国内外享有较高的声誉。生物信息科学与技术学院下设生物信息学、系统生物学、生物数学、生物物理学、统计遗传学、药物基因组信息学、生物医学软件工程、生物医学工程、表观遗传学和计算生物不10个教研室，学科门类齐全、研究方向和硬件设施完备，已经形成国内最大规模的生物信息学科研、教学团体。
生物信息科学与技术学院是国内最早从事生物信息学科学研究的单位之一，科研水平处于国内院校前列，重大疾病的生物信息学与计算系统生物学研究独具特色，在复杂疾病的风险标志物识别、非编码RNA的功能与作用机制研究、疾病风险基因定位与通路重构、疾病表观遗传改变机制研究、药物靶标识别与计算机辅助药物设计、新一代测序技术数据拼装与分析、基因芯片数据分析与算法开发，及分子生物学软件与平台开发等领域取得突出成就。在Nucleic Acid Research(IF 10.18)、Briefings in Bioinformatics（IF 9.28)、Human Mutation(IF 5.96)、Molecular cancer Therapeutics(IF 5.23)、Bioinformatics(IF 5.04)等国际著名生物医学和生物信息学期刊发表高水平SCI论文300余篇，其中影响因子5以上论文近百篇；主持国家863项目、国家重大研究计划、973前期项目、国自然重大研究计划等国家重大课题43项，其他各类课题百余项，年均研究经费超过500万元；先后获得省自然科学二等奖3项，中华医学科技三等奖3项，厅局级奖30余项。
生物信息科学与技术学院是国内最早招收生物信息学和生物医学软件工程专业研究生和本科生的单位之一，主持建立的计算生物学教育教学体系已经成为全国生物信息学教学模板，计算生物医学教育教学和人才培养水平处于国内领军地位。生物信息科学与技术学院（系）自2001年起招收博、硕士研究生，2003年招收本科学生，为国内外生物医学研究和生物医药产业输送了大批优秀人才。目前已毕业博、硕士研究生230余人，连续10年一次就业率100%，绝大部分学生就读国内外著名高校博士、博士后或于国内重点高校任教，已成为各大院校的骨干力量。生物信息科学与技术学院是国家首部《生物信息学》规划教材主编单位（李霞教授任主编），目前招收生物技术（生物医学软件工程方向）、生物信息学和生物医学工程（药物组学信息学方向）三个本科专业，学生培养质量和数量均居国内前列，毕业学生供不应求，大部分学生赴中科院所、国内著名高校、著名生物企业等单位深造或就业。目前，生物信息科学与技术学院在读博士生21人，硕士生110人，八（七）年制学生16人，本科学生563人，形成学科发展坚实的后备力量。
哈尔滨医科大学生物医学大数据研究中心挂靠我院，是生物信息科学与技术学院开展对外合作交流的窗口，近年来，开发大量具有实用价值的资源平台和软件工具。生物信息科学与技术学院注重科研项目的产业转化，形成大批具有自主知识产权的研究成果，与中科院生物物理所、遗传所、上海生科院生物信息中心、医科院肿瘤研究所、同济大学、首都医科大学、第四军医大学、中南大学、南京医科大学、天津医科大学、哈尔滨工业大学、东北农业大学、华大基因组研究院、博奥、东软等生命科学、临床医学、制药产业、农林研究、生物科技和软件产业领域单位形成良好的合作与人才交流关系，并面向全国，开展广泛的科研交流和培训工作。