南方医科大学中医药学院前身为中国人民解放军第一军医大学中医系，始建于1975年7月，是全军唯一的集教、研、医为一体的培养全军中医、中药、中西医结合高级人才基地。2005年6月学校转制后成立中医药学院。
一、学科门类齐全
中医药学院充分利用中医、西医、理工、人文多学科交叉融合的优势，实行学科联合，致力于打造中医药优势学科，展开了中西医结合、中医学、中药学三个一级学科。拥有博士后流动站1个（中西医结合），一级学科博士学位授权学科2个（中西医结合和中药学），一级学科硕士学位授权学科1个（中医学）。中西医结合临床医学，2006年成为广东省重点学科，2007年成为国家重点学科，2008年成为广东省“211工程”三期重点学科建设项目，是华南地区唯一一个中西医结合临床国家重点学科，2010年成为国家特色重点学科。在教育部网站上公布的2011年中国大学研究学院各二级学科A++级学校排行榜中，学校中西医结合临床医学排名第二。在《中国大学评价》课题组公布的07中国大学研究生院医学各一级学科A++级学校排名中排名第四。目前中西医结合被确定为我校四大重点建设的技术平台和四大特色学科群之一，先后纳入广东省“创新强校工程”、“四重建设”和“高水平大学建设”重点学科之一。同时建有国家中医药管理局重点学科6个，分别是：中西医结合基础、中医肾病、中医脑病、中医痹病、中药制药学、中药药理学。
二、教学优势明显
中医药学院是国内最早开展中医药教育的综合性院校之一，目前开设了中西医结合、中医学、中药学、针灸推拿、中药制药工程5个本科专业，是全国综合性大学或医科大学中中医药人才培养规模最大的院校之一。已经形成了以本科生和研究生培养为主体、留学生培养为特色，以中西医结合为教学模式、学历教育和继续教育相结合的人才培养体系。现有专业专任教师108人，其中博士生导师30名、硕士生导师42名。包括有中央军委保健组专家2名、全国老中医药专家学术经验指导老师3人，全国优秀中医临床人才3人；广东省名中医4名；全国或全军优秀教师5人；广东省老中医药专家学术经验指导老师5人。先后建成国家特色专业、教学团队、精品课程、精品视频公开课或精品资源共享课5个国家级质量工程和广东省名牌专业、特色专业、创新人才培养试验区、实验教学示范中心、大学生实践教学基地、精品课程等22个省级质量工程，逐步构建了优质的中医药教学平台。先后与广州中医药大学、南京中医药大学、德国威腾?黑德克大学开展本科生交流培养；与美国弗吉尼亚大学、美国梅奥医学中心骨科生物力学实验室、日本九州大学、新西兰中医针灸学校、香港浸会大学、澳门科技大学等11个国（境）组织建立的学术交流与合作。2011年国家教育部专家组对我校中医学专业认证给予了高度评价，建议我们好好总结综合性院校办中医模式，为全国同类院校发挥示范和引领作用。
三、人才质量过硬
中医药学院利用综合大学现代医学教学资源丰富，学科设置齐全的优势，构建由理论教学、实验教学、见习实习、技能培训、科研创新、社会实践、军事训练、创业活动等组成的教学体系；搭建多元创新时间平台，配备本科生科研导师，加大创业经费投入，并与企业合作设立至信药业、大翔药业大学生学业和创业基金，积极完善中医药人才培养模式。为遵循中医药人才成长特有规律，自2013年开始，设立南方医科大学“名老中医传承班”，以探索“现代院校教育与传统师承教育相互结合”的新型人才培养途径。已先后为近30个国家培养中医药人才4000余人，目前在校中医药本科生2000余人，研究生200余人。毕业生的中医和中西医结合执业医师通过率高出约全国30个百分点，位居前列。近四届我院本科生在全国大学生“挑战杯”创业大赛中获金奖2项、银奖1项、铜奖1项、评委推荐特色奖1项（全国5项）；另获省金奖3项，银奖2项。近四届挑战杯科技大赛获全国二等奖1项，省一等奖3项，二等奖4项，三等奖2项。继2010年取得首届全国中医药院校针灸推拿临床操作技能大赛团体二等奖基础上；2012年获得第二届团体一等奖及2个单项一等奖，1个单项二等奖，6个三等奖和2个优胜奖；2014年获得团体二等奖及1个单项一等奖，4个单项二等奖，5个三等奖和3个优胜奖。2011年成立南方医太极队，参加广东省传统武术（套路）锦标赛，共获61金，127银，14铜，其中集体项目4金，4银。学生创业项目“麦栈糕点坊”在中央电视台2套《中国创业榜样》栏目播出。
四、科研成果丰硕
中医药学院依托大学优质的现代医学学科和实验室资源，建成了一批高水平的中医药科技创新平台，大大提升了中医药自主创新能力和水平。同时拥有中药和西药临床药理基地，建成了3个国家中医药重点实验室，1个广东省重点实验室，1个广东省高校中药化妆品工程中心。研制的三九胃泰、正天丸、尿毒清颗粒等中药新药，产品畅销国内外，累计产值都分别逾20亿。注射用双黄连分针剂是世界时第一个中药粉针剂，目前产值也早已超过20亿；双黄连粉针剂、葛根芩连微丸被国家列入首批中医急诊必备药。2004年以来，中医药学院主持和参与各类科研课题360余项，获科研经费9000多万元。其中包括 “863”、“973”、国家科技重大专项（重大新药创制）、国科技支撑计划、国家自然科学基金重点等国家级课题90余项，省级以上课题90余项，市厅级以上课题150余项。发表统计源期刊以上科研论文2000余篇，其中SCI收录论文200余篇。取得国家发明专利100余项。开发中药新药2个。获得各类科研成果18项，其中省部级科技奖励一等奖2项，二等奖4项。
五、医疗特色鲜明
长期以来，中医药学院坚持包容、开放、多元的理念，大力推动中医药在大型综合医院中的发展，先后在南方医院和珠江医院建立了中医科和中医门诊。其中南方医院的中医科是全国综合性医院中最大规模的中医科之一。2006年，又响应广东省委、省政府的号召，建成了三级甲等中西医结合医院。时任广东省委书记，现中共中央政治局常委、全国人大主任张德江题词：“感谢南方医科大学为广东建设中医药强省和增加全省人民健康作出的贡献”。中医药学院经过多年的发展，已经形成分科比较齐全、特色比较鲜明的中医药诊疗体系。建有国家中医药管理局“治未病中心”1个，同时中医脑病、中医肾病、中医痹病是国家中医药管理局重点学科，中西医结合风湿病、中西医结合慢性头痛病、中西医结合心血管病、针灸推拿学为国家中医药管理局的重点专科，中西医结合肝病、中西医结合脾胃病专科为广东省中医药局的重点专科，中西医结合骨伤科是广东省骨伤救治中心单位之一。