武汉大学基础医学院源于湖北省立医学院基础部，创始人为知名医学专家、留德医学博士朱裕璧教授。经过七十年的历程，医学院已发展成为集教学、科研和社会服务于一体的国家基础医学人才培养和科学研究基地。
医学院共有9个系（人体解剖学与组织胚胎学系、生理学系、病原生物学系、药理学系、免疫学系、病理与病理生理学系、生物化学与分子生物学系、医学遗传学系、生物医学工程系），1个研究所（武汉大学医学病毒学研究所），3个中心（武汉大学医学结构生物学研究中心、武汉大学基础医学实验教学中心、武汉大学食品与药品安全评价研究中心）。现有教职工210余人，其中教授39人、副教授59人、博士生导师48人，现有国家“万人计划”领军人才1人，科技部中青年科技创新领军人才1人，国家杰出青年基金获得者2人、“新世纪百千万人才工程”1人、国家高水平人才9人、国务院政府特殊津贴5人、教育部新世纪人才4人、湖北省高端人才计划重点培养对象1人、湖北省“医学领军人才”1人、湖北省其他高水平人才6人、湖北省创新团队3个、湖北省杰出青年基金获得者5人、珞珈杰出学者1人、珞珈学者特聘教授3人、珞珈学者讲座教授8人、珞珈青年学者7人。
医学院拥有基础医学一级学科博士学位授予权、基础医学博士后流动站、国家“985工程”和“211工程”重点建设项目、2个省级重点学科（基础医学一级、药理学二级），1门国家级双语教学示范课程（医学免疫学），1个国家级教学团队（医学机能实验学教学团队），2门国家级来华留学英语授课品牌课程（局部解剖学、医学免疫学），5门省级精品课程（药理学、人体解剖学、病理生理学、人体寄生虫学和医学免疫学），1个省级实验教学示范中心，2个省级重点实验室（过敏及免疫相关疾病湖北省重点实验室、发育源性疾病湖北省重点实验室）。医学院病原生物学系和免疫学系为武汉大学病毒学国家重点实验室的重要组成部分。近年来获卫生部全国优秀教材一等奖1项，主编国家级“十二五”规划教材1部。
经教育部审批，医学院获批增设基础医学新专业。医学院承担着临床医学、口腔医学、护理学、医学检验学和预防医学5个专业的四、五年制本科生、七年制本硕连读生和八年制本硕博连读生（临床医学和口腔医学）以及硕士生、博士生的医学基础课教学任务。几十年来，已培养了医学本科生20000余名，博士、硕士生3000余名，为国家医疗卫生、教育、科学事业作出了重要的贡献。现有本科生1500余人，硕士生120余人，博士生110余人，留学生300余人。我院学生曾获得全国大学生英语竞赛特等奖、全国大学生“挑战杯”创业计划大赛金奖、中国大学生“自强之星”、湖北省大学生演讲比赛特等奖、湖北省大学生优秀科研成果奖、武汉大学英语演讲比赛第一名等表彰，学生参与的“青春红丝带”活动获团中央“优秀社会实践队”称号。
近5年医学院获批国家自然科学基金项目96项，其中杰出青年基金2项、重点项目2项、重大国际合作1项、国家重大专项2项、“973”项目1项、课题2项，发表SCI论文200余篇，授权发明专利37项，获国家科技进步奖二等奖2项、省自然科学二等奖2项、三等奖2项、中华医学奖二等奖2项。
医学院积极实施开放办学的战略思想，与美国、英国、日本、芬兰等20多个国家及地区的一些院校建立了院（校）际交流关系。开设了与法国南锡大学联合培养的临床医学七年制、八年制中法实验班，与美国芝加哥大学合作的临床医学五年制实验班。
医学院已成为培养高素质的、具有创新意识的优秀医学专业人才的摇篮。武汉大学人民医院、中南医院和口腔医院三所国家三级甲等医院为学院所有医学生的早期接触临床教育基地。
医学院曾多次被评为湖北省卫生系统先进集体、省先进基层党组织和全省高校大学生思想政治教育工作先进基层单位。