郑州大学医科教育源于1928年的河南中山大学，1952年河南医学院独立建院，开启了河南医学高等教育的先河，1984年河南医学院更名为河南医科大学，基础部更名为基础医学院。2000年7月，原郑州大学、郑州工业大学、河南医科大学三校合并成立了新郑州大学，基础医学院为郑州大学的二级学院，下设10个系、1个实验教学中心、1个实验平台、13个研究所，4个科级办公室。
基础医学院是国务院恢复学位制后首批博士、硕士学位授权单位，拥有基础医学一级学科博士学位授权点（涵盖6个二级学科和2个自主设立二级学科博士授权点）、基础医学一级学科硕士学位授权点（涵盖7个二级学科和4个生物学二级学科硕士授权点、1个药学二级学科硕士学位授权点）。基础医学院现有国家重点（培育）学科1个（病理学与病理生理学）、省级特色学科1个（肿瘤防治）。肿瘤防治与转化医学进入国家一流学科建设序列。基础医学院也是河南省首家博士后流动站（基础医学博士后流动站，1991）单位。
基础医学院在职教职工191人，其中教授28人、副教授54人，具有博士学位教师119人，博士生导师22人，硕士生导师73人。“长江学者讲座教授”1人，“长江学者特聘教授”1人，杰青2人，新世纪百千万人才工程国家级人选1人，享受“国家政府特殊津贴”专家3人，省“百人计划”特聘专家1人、省特聘教授4人，省学术技术带头人9人，省高层次人才特殊支持“中原千人计划”2人，河南省高层次人才认定8人，省教育厅学术技术带头人15人，郑州大学高层次人才23人。
基础医学院将继续秉持“求是担当”的大学使命，立足河南、面向全国、放眼世界，以学科建设为基、人才梯队建设为本，进一步夯实基础、砥砺奋进，推进基础医学教育的发展，努力打造世界一流学科，开创全新美好的未来！
（注：数据截止时间2020年8月）