郑州大学临床医学系前身为河南医科大学临床医学系，2000年10月，郑州大学、河南医科大学、郑州工业大学三校合并，组建新的郑州大学，更名为郑州大学临床医学系，为学校二级院系，主要职能是承担临床医学专业后期学生管理、临床教学协调工作。
临床医学系所属临床医学专业，是河南省招生最早、综合实力最强、生源质量最优的一流名牌专业，也是我校历史最悠久的专业。该专业1928年创建于河南中山大学医科，1952年全国高等院校调整时从河南大学分出，设河南医学院医疗专业。2017年入选国家“双一流”建设学科名单，标志着临床医学专业发展实现历史性重大突破。
临床医学专业目前有临床医学5年制、7年制、“5+3”一体化、医学影像学、麻醉学等专业方向，是河南省唯一的临床医学一级学科博士授权点、临床医学专业博士点、临床医学一级学科硕士授权点、临床医学专业硕士点。师资队伍结构合理，教师中博士、硕士学位比例占70%以上。临床医学专业拥有较好的办学条件和先进的教学手段，现有17家临床实践教学基地，均是集医疗、教学、科研、预防为一体的省内大型知名医院；新建了全国一流的临床医学技能训练中心，为本科教学提供了较好的技能训练平台；专业创建以来，已累计为国家和社会培养各类医学人才3万余名。近几年来毕业生一次考研录取率达60%以上、就业率达96%以上，为医疗卫生事业的发展做出了突出贡献。
1、临床医学（五年制）
培养目标：培养适应国家及区域经济和卫生事业发展需要的，德、智、体、美全面发展的，具有扎实的医学基础知识、系统的临床理论知识、良好职业素质，具备较强的临床思维能力、临床操作能力、临床决策能力，具备终生学习的能力和进一步深造的扎实基础的高素质临床医学毕业生。
修业年限：学制5年，符合郑州大学授予学士学位规定，授予医学学士学位
2、临床医学专业“5+3”一体化
培养目标：“5+3”一体化临床医学人才培养按照加强基础，强化技能，注重素质，整体优化的总体思路，实施本科教育、临床医学专业硕士学位研究生培养、住院医师规范化培训和临床执业医师准入标准有机衔接的培养模式。适应国家、区域经济发展和卫生计生事业发展需要的，德、智、体、美全面发展的，具有较广泛的人文社会科学、自然科学的基本理论知识和深厚的医学基础理论知识、系统的临床理论知识，具有较强的职业胜任力，掌握科学研究的基本方法与能力，符合住院医师规范化培训标准和临床执业医师准入标准的、满足临床医学硕士专业学位水平要求的，有较大发展潜力的卓越医师。
修业年限：学制8年，符合郑州大学授予学士学位规定，授予医学学士学位；符合郑州大学授予临床医学专业硕士学位规定，授予临床医学专业硕士学位。
3、临床医学（七年制）
培养目标：按照“七年一贯，本硕融通，加强基础，注重素质、整体优化、面向临床”的培养方式，培养具备宽厚坚实的基础医学、临床医学的理论基础知识和掌握医疗预防的基本技能，能在医疗卫生单位、医学科研等部门从事医疗及预防、医学科研等方面的工作，并具有较高的文化素质、较大的自我发展潜力，达到临床医学硕士专业学位水平的高级专门人才。
修业年限：学制7年，符合郑州大学授予学士学位规定，授予医学学士学位；符合郑州大学授予临床医学专业硕士学位规定，授予临床医学专业硕士学位。
（该专业于2015年停招）。
4.医学影像学
培养目标：培养适应社会主义现代化建设和面向21世纪经济社会发展需要的，德、智、体、美全面发展，基础扎实、知识面宽、能力强、素质高，具有创新精神的，能从事医学影像诊断的高级医学专门人才。
修业年限：学制5年，符合郑州大学授予学士学位规定，授予医学学士学位
5.麻醉学
培养目标：培养具有宽阔的临床医学基础和国际视野的麻醉学人才。学生具有良好的人文素养、临床思维能力、广泛适应的能力和发展潜质。能从事临床麻醉、危重病医学、急救复苏、疼痛诊疗和相关学科的医疗、教学和科学研究。
修业年限：学制5年，符合郑州大学授予学士学位规定，授予医学学士学位。