微生物技术国家重点实验室（研究院）坚持面向国家重大战略需求，以科技创新为己任，筚路蓝缕、锐意进取。经过三十年的发展，重点实验室（研究院）已建设成为国际领先的微生物技术研究平台和科技交流合作基地，促进了微生物学科发展，对国内外的相关研究领域起到了很好的引领作用。
微生物技术是现代生物改造及绿色生物制造产业的技术关键和内容核心，是生命科学和生物技术发展的重要基础和先导，在生物科学基础研究和生物制造产业之间扮演着承上启下的角色，在解决人类社会所面临的资源紧缺、环境污染、粮食危机、生态破坏等严峻挑战方面，微生物技术具有无可替代的重要作用。重点实验室(研究院）以微生物技术的发展与创新为核心，围绕资源与环境微生物技术、医药微生物技术、工业微生物技术、海洋微生物技术四个研究方向进行整体布局。通过发展细菌、酵母菌和丝状真菌等重要模式微生物的遗传操作系统，在阐明微生物遗传及其代谢生理的机制基础，挖掘微生物的功能潜力，拓展微生物技术应用的研究中，致力于完善和创新微生物技术体系平台，并为生物制造创造生物新机能、挖掘新菌种、开发新工艺和新产品。同时，通过国际、国内以及室内的协同合作，推动技术的发展与创新。
近四年，重点实验室（研究院）共承担各科研类项目360项，各类科研项目实到经费21066.53万元。授权国际和国内发明专利69项。发表SCI论文557篇，论文数量、影响因子及他引次数都有了大幅度的提高。多项成果发表在Nature Nanotechnology、Cell 、PNAS等著名刊物上，显示了重点实验室（研究院）的研究水平有了实质性的提升，主流研究成果已居于世界先进或领先行列。另外还主编或者参编专著译著13部。
以973首席专家曲音波教授为第一完成人的“玉米芯废渣制备纤维素乙醇技术与应用”获得国家技术发明二等奖。该项目不但突破了诸多技术瓶颈，填补了国内空白，并且率先在国际上建成了用玉米芯年产3000吨纤维素乙醇的中试生产装置和万吨级的生产示范装置，达到国际领先水平。
作为国家重点实验室，我们以国家需求和社会发展为指导，长期坚持并积极拓展关系到社会可持续发展的战略性微生物技术的应用基础研究，保持了在这些领域的国内领先地位，其中部分成果（如纤维素降解机理、木质纤维素生物炼制技术、专性自养嗜酸菌遗传操作技术、粘细菌资源多样性及复杂群体行为的适应进化机制、蛋白酶的适冷和海洋氮代谢机制、硫氮杂环类污染物的降解和资源化利用等）达到国际先进或领先水平，在国际同行中拥有良好的声誉，形成了重要的国际影响。同时，通过引进和发展，实现研究方向和技术与国际前沿的接轨，如引进Red/ET系统的发明人张友明教授后我们在DNA大片段的遗传操作技术和一步化实现基因组整合等方面达到了国际领先水平。