山东大学基础医学院历史悠久，发端于中国近代西医教育源头之一的齐鲁大学医科。在山东大学基础医学院的历史上，江清、侯宝璋、于复新等一批蜚声海内外的医学大家为现代医学植根中国做出了卓越贡献。建国后一批我国基础医学学科的创始人和开拓者如周廷冲、黄翠芬、沈霁春、张汇泉、李瓒文等为本学科的发展奠定了坚实基础，在我国医学教育和研究发展史上具有重要地位。
历经百年发展，基础医学院现有11个学系和1个国家级实验教学示范中心，教职工总数303人，其中教授70人，副教授80人。师资队伍中现有教育部“长江学者奖励计划”特聘教授3人，国家杰出青年基金获得者7人，国家优秀青年科学基金获得者4人，国家“特支计划”科技创新领军人才2人、国家百千万人才工程入选者2人、山东省“泰山学者”岗位特聘教授（专家）5人。
基础医学院现有各类全日制学生2271人，其中本科生1336人，包括生物医学科学专业73人、临床医学专业1-3年级1263人；基础医学、生物学专业博士、硕士研究生 628人，包括硕士研究生311人，博士研究生198人，外籍硕士研究生1人，外籍博士研究生2人；留学生307人，包括MBBS 289人，中文留学生9人。
基础医学院坚持以学科建设为基础，积极推进基础医学教育发展，努力创建世界一流学科。基础医学院现有人体解剖与组织胚胎学1个国家级重点学科；人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、遗传学、药理学等6个省级重点学科；实验畸形学教育部重点实验室、精神疾病基础与临床山东省重点实验室、感染与免疫学山东省重点实验室3个省部级重点实验室；现有基础医学、生物学2个博士后科研流动站，基础医学、生物学2个一级学科博士学位授权点，14个二级学科博士学位授权点。神经科学与行为学、生物学与生物化学、免疫学、分子生物学与遗传学等4个学科进入ESI前1%，药理学与毒理学进入ESI前1‰。
基础医学院不断推进教学科研管理体制机制改革，打破学系限制，建立了24个课程组和23个科研团队。围绕重大疾病发生机制和干预策略研究，已经形成肿瘤学、神经科学、免疫微环境与疾病、代谢性疾病、遗传性疾病5个研究中心。近5年承担国家级科研项目160余项，省部级科研项目160余项,其中国家级重大、重点及人才类项目16项，省部级重点及人才类项目17项。获资助科研经费累计20000余万元。获得国家科技进步二等奖、省部级科技奖、中华医学奖等科研成果10项；在包括《Nature》、《Cell》、《Cell Metabolism》、《Nature Immunology》、《Nature Chemical Biology》、《Signal Transduction and Targeted Therapy》、《Molecular Cancer》、《Advanced Science》、《Nature Communications》、《Journal of Clinical Investigation》、《The Journal of Experimental Medicine》、《Gastroenterology》、《Biological Psychiatry》、《Circulation Research》、《PNAS》、《Autophagy》等国际期刊发表SCI论文650余篇。基础医学院力争经过全院师生的共同努力，形成具有国际先进水平的基础医学学科群，取得国际一流水平的创新性科研成果。
基础医学院以致力于培养国际视野、创新思维、实践能力和较强社会责任感的医学人才为己任，延续齐鲁医学教育的优良传统，高度重视人才培养。不断加强教育教学改革，现有国家级医学基础实验教学示范中心和国家级医学虚拟仿真实验教学中心，承担多项“质量工程”项目。《基础医学融合性实验教学课程体系改革》和《我国数字解剖学教学体系创建与推广》获得国家级教学成果二等奖、省级教学成果特等奖，《生理学在线课程建设与混合式教学模式改革》获得省级教学成果二等奖。“拔尖创新医学人才培养模式改革试点”、“五年制临床医学人才培养模式改革试点”被评为教育部卫生部第一批卓越医生教育培养计划试点项目，生物医学科学专业获批国家强基计划。加强课程建设，《系统解剖学》、《组织学与胚胎学》、《医学免疫学》、《局部解剖学》、《断层解剖学》、《人体寄生虫学》、《医学伦理学》、《医学机能学实验》成为国家级精品资源共享课程；《断层解剖学》、《系统解剖学》、《病理学》、《药理学》成为教育部双语示范课程；《系统解剖学》、《人体寄生虫学》、《生理学》、《药理学》成为国家级来华留学英语授课品牌课程。《生物化学》、《细胞生物学》、《生理学》、《组织胚胎学》荣获首批高校在线教学国际课程。2017年入选国家精品在线开放课程7门，2018年入选1门；2019年入选国家级一流课程6门。重视教材建设，主编并出版20本国家级规划教材。基础医学院教师副主编的《系统解剖学》、《人体解剖学》获国家级优秀教材二等奖，基础医学院获评首届全国教材建设先进集体荣誉称号。
扎根齐鲁大地，承继“齐鲁”医学教育的百年辉煌，山东大学基础医学院将以建设“有灵魂、有思想、有温度、有作为”的世界一流基础医学院为目标，以“敦学砺行、广智求真”为院训，发扬“会通中外、精益求精”的优良治学传统，不断加强学院治理，提高学院发展质量，为健康中国做出我们新的贡献！