水资源与环境工程学院是在1960年创办的放射性水文地质本科专业发展起来的。1985年与北京核工地质研究院开始联合招收和培养水文地质与工程地质硕士研究生，1993年获得水文地质与工程地质硕士学位授权点，开始独立招收和培养水文地质与工程地质硕士研究生。2002年获得地质资源与地质工程一级学科硕士学位授权点，同时获得地质工程领域硕士学位授权点。2003年获得环境工程硕士学位授权点。2010年获得水利工程、环境科学与工程一级学科硕士学位授权点，同时获得水利工程、环境工程领域硕士学位授权点。2012年获得地质资源与地质工程一级学科博士学位授权点。
水资源与环境工程学院现有在校本科生800多人，研究生80多人（含博士生）。拥有一支教授、副教授为骨干，博士、硕士为主体，结构合理、学术水平较高的专业师资队伍。现有专任教师40多人，其中有博士生导师3人，正高8人、副高13人，有博士学位23人、硕士学位17人。拥有俄罗斯自然科学院外籍院士1人，国家杰出青年科学基金项目获得者1人，享受国务院特殊津贴专家1人，全国优秀教师1人，江西省百千万人才工程1人，江西省教学名师1人，江西省高校中青年学科带头人4人，江西省高校中青年骨干教师2人，“赣鄱英才555工程”领军人才2人，东华理工大学教学名师2人。拥有“水文与水资源工程”江西省教学创新团队，“水文与水资源工程专业核心课程群”东华理工大学教学团队和“水污染控制工程”东华理工大学教学培育团队。拥有“铀资源勘查与铀矿产品提取技术”国家国防科工局科技创新团队和“环境污染机理与修复”东华理工大学科技创新团队。
水资源与环境工程学院拥有地质资源与地质工程一级学科博士学位授权点。拥有水利工程、环境科学与工程和地质资源与地质工程3个一级学科硕士学位授权点，水利工程、环境工程、地质工程3个工程硕士领域学位授权点。拥有水文与水资源工程、环境工程、给排水科学与工程和地下水科学与工程4个本科专业。水文与水资源工程专业，2003年获江西省品牌专业，2008年获国家级特色专业，2013年获江西省卓越工程师教育培养计划试点专业。该专业学科先后荣获原核工部及江西省“九五”重点学科，以其为基础的“地质工程”学科荣获江西省“十五”、“十一五”重点建设学科，“地质资源与地质工程”学科荣获江西省“十二五”高水平学科。环境工程专业，2004年获江西省品牌专业，2008年获江西省特色专业，2014年获江西省专业综合改革试点专业。
水资源与环境工程学院坚持“以学生为本，培养高素质人才”为目标，全方位提高学生的专业实践能力、创新能力和就业能力，为国家建设培养高素质有用人才。水资源与环境工程学院实验教学中心设施齐全，拥有国家级和省级实验教学示范中心。设有基础水文地质、水文地质工程地质勘察、水质分析与环境监测、环境微生物、水处理、环境工程、水力学、水泵与管网、建筑给排水等专业基础与专业实验室。建立了杭州地质认识、江山区域地质调查、抚州市洪门水库、抚州临川温泉、中国石油化工股份有限公司九江分公司、江西省水文地质工程地质大队、江西省地质环境监测总站、江西省核工业267大队、宁波大学地基处理技术有限公司、广东顺德工业设计研究院、上海清浥环保科技有限公司、南昌水业集团环保能源公司等专业教学实习基地以及中核抚州金安铀业公司、新疆中核天山铀业有限公司“产、学、研”教学与科学研究基地。水资源与环境工程学院培养的毕业生得到了用人单位的一致好评，毕业生就业前景广阔。近5年毕业生一次性就业率达到85%以上，平均考研率超过18%。
水资源与环境工程学院充分利用自身学科与专业优势，积极开展科学研究工作。近5年，先后主持国家自然科学基金、国家科技部“863” 和“973”、国家国防科工局等国家级科研项目26项，以及省部级科研项目30余项，年到账科研经费800多万元，科研成果获江西省科技进步奖二等奖1项、获教育部自然科学奖二等奖1项，获发明专利3项。发表高水平的学术论文200余篇，其中被SCI、EI、ISTP收录近50篇，出版专著4部。
水资源与环境工程学院积极开展对外交流。水资源与环境工程学院教师先后赴美国、俄罗斯、加拿大、德国、日本、冰岛、英国、阿根廷、捷克、西班牙等国家进行合作研究与学术交流。先后与德国波鸿大学、英国威尔士大学、冰岛联合国大学、乌兹别克斯坦科学院微生物研究所、俄罗斯托姆斯克理工大学等知名大学建立了良好的科研合作关系，确保学科建设始终位列世界前沿。