化工学院基于1964年成立的化工系，1998年7月3日由化工与生化工程系、应用化学系和材料物理化学研究所合并成立化工学院，2000年9月8日原化工学院更名为材料科学与工程学院，2008年6月16日由化工与制药工程系、生物工程与技术系和环境科学与工程系成立新的化工学院。现下设化工与制药工程系、生物工程与技术系、环境科学与工程系和园艺系。
目前化工学院拥有一个国家一级博士授权点：化学工程与技术（下设生物化工、生物材料化工、化学工程与工艺及环境化工四个博士研究方向；化学工程、化学工艺、生物化工、应用化学、工业催化、制药工程六个硕士研究方向）；一级学科博士后流动站：化学工程与技术；一个一级硕士授权点：环境科学与工程（下设环境监测与评价、水处理工程、大气污染控制工程三个研究方向）；二个二级硕士点：生物化学与分子生物学、微生物学；一个国务院侨办重点学科：生物化工。一个工程硕士领域：化学工程。八个本科专业：化学工程与工艺、制药工程、生物工程、生物技术、园艺、环境工程、环境科学、环境生态工程。化学工程与技术一级学科是福建省特色重点学科和福建省重点学科，环境工程专业为福建省高等学校服务产业特色专业。
化工学院拥有福建省生物化工技术重点实验室、化学生物学与分子工程福建省高校重点实验室、福建省工业废水生化处理工程技术研究中心、厦门市海洋生物资源综合利用工程技术研究中心、省级实验教学示范中心“基础化学化工实验中心”以及“新一代物质转化研究所”等10个校、院级研究机构。
化工学院汇聚了一批学缘结构合理、教学经验丰富、具有科研潜力的教学科研人员，现有教职工117人，其中专任教师93人，教授23人，副教授26人，博士生导师13人。拥有一批具有较高学术声誉的领军人才，其中双聘院士2人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”1人，福建省“百人计划”2人，福建省“外专百人计划”2人，国家高端外国专家1人，厦门市双百计划1人。
化工学院面向全国和境外招生，面向境内通过全国高考本科一批或提前批招生，面向境外通过两校(与暨南大学)联招、参加教育部的全国联招或单独招生。目前全日制在校生约1600人，其中本科生约1400人，硕士生约200人，博士生29人。
化工学院紧密结合国家和海峡西岸经济区经济社会发展的重大需求开展创新研究，成果显著，5年来共承担了国家自然科学基金海峡联合重点项目、面上项目，及国家海洋公益性行业科研专项项目等国家级项目39项；高校博士点基金博导项目、福建省重大、重点、自然科学基金等省部级课题70余项；服务地方企事业合作横向课题50余项；厅级、校级及其它各类科研项目100余项；累计科研经费5000多万元；发表的论文被SCI、EI收录200余篇；申请中国发明专利获授权60余项；获福建省、厦门市及泉州市科学技术奖近10项。
化工学院的国际交流不仅包括与国（境）外高校合作办学、互派交换生，邀请专家来访交流合作，派出教师参加学科主流国际会议、到国外名校访学进修等，目前化工学院还致力于组建中外联合实验室、申报中外合作项目等工作。2013年化工学院与瑞典乌普萨拉大学签署合作交流协议，开展生物教育合作；泰国农业大学、台湾联合大学、中原大学来访开展教学与科研合作交流。连续两年邀请美国三院院士哈佛大学David Weitz教授来访讲学并颁发荣誉教授证书，近五年来累计邀请美国科学院、工程院、艺术与科学学院院士、澳大利亚工程院院士、法国国家药学科学院院士、捷克科学院院士、华盛顿大学波音教授等20余名国（境）外专家来访讲学交流。近五年来派出化工学院骨干教师连续参加美国化学工程师协会（AIChE）年会、国际化工与过程工程大会（CHISA）、美国化学学会（ACS）年会、世界生物材料大会（WBC）等国际主流会议并做口头报告或邀请报告等20余人次，与美国哈佛大学、麻省理工学院、密西根大学、伊利诺伊大学香槟分校、佐治亚理工学院、MD安德森癌症中心，加拿大滑铁卢大学、拉瓦尔大学，瑞典于默奥大学及瑞士农科院等成功建立了良好的国际合作交流关系。
化工学院的办学定位为扎根厦门，立足福建，同时面向海内外，打造为省内一流，国内外有一定影响力，具有本、硕、博三个层次的人才培养以及博士后研究的教学研究性学院。
在新的发展时期，化工学院将秉承和实践“科学、民主、拼搏、创新”的理念，励精图治，团结奋斗，不断提高教学、科研、管理水平和人才培养水平，实现“科学建院，民主治院，拼搏兴院，创新强院”，为国家的繁荣昌盛做出更大的贡献。